Clinical Metagenomic Next-Generation Sequencing for Pathogen Detection.
Clinical Metagenomic Next-Generation Sequencing for Pathogen Detection.
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DOI：
10.1146/annurev-pathmechdis-012418-012751
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发表时间：
2019-01-24
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Chiu CY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gu W;Miller S;Chiu CY
几乎所有的传染因子都含有DNA或RNA基因组，这使得测序成为一种有吸引力的病原体检测方法。自2004年问世以来，高通量或下一代测序的成本已经降低了几个数量级，并且已经成为检测和鉴定患者临床样品中微生物分类的有利技术平台。本文综述了新一代非靶向宏基因组测序在感染性疾病临床诊断中的应用，特别是在传统诊断方法存在局限性的领域。本次审查涵盖(a)下一代测序技术和通用平台，(b)临床微生物实验室的下一代测序分析工作流程，(c)下一代宏基因组测序数据的生物信息学分析，(d)用于诊断传染病的下一代宏基因组测序的验证和使用，以及(e)该领域的重要病例报告和研究。下一代测序是一项新技术，有望提高我们诊断、询问和追踪传染病的能力。
Nearly all infectious agents contain DNA or RNA genomes, making sequencing an attractive approach for pathogen detection. The cost of high-throughput or next-generation sequencing has been reduced by several orders of magnitude since its advent in 2004, and it has emerged as an enabling technological platform for the detection and taxonomic characterization of microorganisms in clinical samples from patients. This review focuses on the application of untargeted metagenomic next-generation sequencing to the clinical diagnosis of infectious diseases, particularly in areas in which conventional diagnostic approaches have limitations. The review covers (a) next-generation sequencing technologies and common platforms, (b) next-generation sequencing assay workflows in the clinical microbiology laboratory, (c) bioinformatics analysis of metagenomic next-generation sequencing data, (d) validation and use of metagenomic next-generation sequencing for diagnosing infectious diseases, and (e) significant case reports and studies in this area. Next-generation sequencing is a new technology that has the promise to enhance our ability to diagnose, interrogate, and track infectious diseases.
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影响因子：
12.3
作者：
Giannoukos G;Ciulla DM;Huang K;Haas BJ;Izard J;Levin JZ;Livny J;Earl AM;Gevers D;Ward DV;Nusbaum C;Birren BW;Gnirke A
通讯作者：
Gnirke A
DOI：
10.1038/nrg.2017.88
发表时间：
2018-01
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Gardy JL;Loman NJ
通讯作者：
Loman NJ
影响因子：
13.7
作者：
Doan T;Acharya NR;Pinsky BA;Sahoo MK;Chow ED;Banaei N;Budvytiene I;Cevallos V;Zhong L;Zhou Z;Lietman TM;DeRisi JL
通讯作者：
DeRisi JL
影响因子：
4.6
作者：
Aziz, Nazneen;Zhao, Qin;Voelkerding, Karl V.
通讯作者：
Voelkerding, Karl V.
影响因子：
1.6
作者：
Bleeker-Rovers, Chantal P.;Vos, Fidel J.;van der Meer, Jos W. M.
通讯作者：
van der Meer, Jos W. M.