Efficient and robust RNA-seq process for cultured bacteria and complex community transcriptomes.
Efficient and robust RNA-seq process for cultured bacteria and complex community transcriptomes.
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DOI：
10.1186/gb-2012-13-3-r23
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Gnirke A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Giannoukos G;Ciulla DM;Huang K;Haas BJ;Izard J;Levin JZ;Livny J;Earl AM;Gevers D;Ward DV;Nusbaum C;Birren BW;Gnirke A
我们开发了一种细菌群落转录组分析方法，可容纳完整和片段化的起始 RNA，并将有效的 rRNA 去除与链特异性 RNA-seq 相结合。我们将这种方法应用于来自三种不同培养细菌物种的 RNA 混合物以及从临床粪便样本中分离的 RNA。所得表达谱具有高度可重复性，非 rRNA 转录物富集高达 40 倍，并且与代表未耗尽总 RNA 的表达谱良好相关。
We have developed a process for transcriptome analysis of bacterial communities that accommodates both intact and fragmented starting RNA and combines efficient rRNA removal with strand-specific RNA-seq. We applied this approach to an RNA mixture derived from three diverse cultured bacterial species and to RNA isolated from clinical stool samples. The resulting expression profiles were highly reproducible, enriched up to 40-fold for non-rRNA transcripts, and correlated well with profiles representing undepleted total RNA.
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