A parametric bootstrap approach to the detection of phylogenetic signals in landmark data
A parametric bootstrap approach to the detection of phylogenetic signals in landmark data
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用于检测地标数据中的系统发育信号的参数引导方法
DOI：
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发表时间：
2001
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
J. Richtsmeier
中科院分区：
文献类型：
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作者：
T. M. Cole;S. Lele;J. Richtsmeier
如果形式上的相似性反映了谱系关系，则系统发育信号存在于形态测量数据集中。这种反射存在的程度可以通过将基于形态测量的分层聚类的拓扑与使用其他数据源先验指定的分支图的拓扑进行比较来测量。拓扑之间的高度一致性表明了强烈的系统发育信号。缺乏一致性表明数据具有强烈的“替代”信号（可归因于同质性）或数据缺乏任何类型的信号。考虑到形态测量数据固有的不确定性，我们提出了一种在使用地标坐标数据描述形态时检测系统发育信号的新方法。我们提供了一种参数引导算法，该算法在应用于地标时，足够通用，可以应用于可以指定样本内变化的合理模型的任何类型的形态测量数据。然后，我们演示如何使用引导程序数据在形态聚类和分支图之间进行拓扑比较，使用：1）附加到分支图节点的引导程序比例； 2）树比较统计； 3）分析模型下引导时发生的基于形态测量的聚类的频率。然后，我们通过检查灵长类动物面部中部形状的系统发育模式来展示我们的方法。最后，我们讨论了需要更多研究的主题，重点关注将形态测量数据划分为同源和同质成分。
A phylogenetic signal is present in a morphometric data set if similarities in form reflect genealogical relationships. The degree to which such a reflection exists can be measured by comparing the topology of a morphometric-based hierarchical clustering with the topology of a cladogram that is specified a priori using other sources of data. A strong phylogenetic signal is indicated by a high degree of agreement between topologies. A lack of agreement is indicative either of data with a strong “alternative” signal (attributable to homoplasy) or of data with a lack of a signal of any kind. In considering the uncertainties inherent in morphometric data, we present a new method for detecting phylogenetic signals when form is described using landmark coordinate data. We provide a parametric bootstrapping algorithm that, while applied to landmarks, is general enough to be applied to any sort of morphometric data where a reasonable model of within-sample variation can be specified. We then demonstrate how the bootstrap data can be used to make topological comparisons between morphometric clusterings and the cladogram, using: 1) bootstrap proportions attached to cladogram nodes; 2) tree-comparison statistics; and 3) analysis of the frequencies of morphometric-based clusterings that occur when bootstrapping under the model. We then demonstrate our method by examining phylogenetic patterning in midfacial shape for ateline primates. We conclude by discussing topics where more research is needed, concentrating on efforts to partition morphometric data into homologous and homoplasious components.
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影响因子：
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作者：
S. Lele
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S. Lele
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Huelsenbeck, JP;Rannala, B;Masly, JP
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3.3
作者：
D. Houle
通讯作者：
D. Houle
DOI：
10.1073/pnas.93.14.7085
发表时间：
1996-07-09
影响因子：
11.1
作者：
Efron, B;Halloran, E;Holmes, S
通讯作者：
Holmes, S