Genome-wide study of mRNA degradation and transcript elongation in Escherichia coli.
Genome-wide study of mRNA degradation and transcript elongation in Escherichia coli.
复制标题
大肠杆菌 mRNA 降解和转录本延伸的全基因组研究
DOI：
10.15252/msb.20145794
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发表时间：
2015-01-12
影响因子：
9.9
通讯作者：
Xie XS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen H;Shiroguchi K;Ge H;Xie XS
基因表达的一个重要部分是RNA合成和降解的协调，这发生在细菌的同一个细胞室。在这里，我们报道了利用RNA-SEQ在大肠杆菌中进行的全基因组RNA降解研究，并提供了证据表明，使用起始抑制剂利福平获得的典型的指数RNA衰减曲线由两个阶段组成：剩余RNA合成，依赖于相对于mRNA 5‘端的距离的稳定状态中断的延迟，以及指数衰减。这可以同时在全基因组范围内提供更准确的RNA寿命和RNA聚合酶延伸率。转录本通常在所有位置都有一个单一的RNA衰减常数，这在不同的操纵子之间是不同的，这表明RNA的稳定性不太可能由局部序列决定。这些测量使我们能够建立涉及共转录降解的RNA处理模型，在系统范围的水平上提供对细菌基因表达中的大分子协调的定量描述。
An essential part of gene expression is the coordination of RNA synthesis and degradation, which occurs in the same cellular compartment in bacteria. Here, we report a genome-wide RNA degradation study in Escherichia coli using RNA-seq, and present evidence that the stereotypical exponential RNA decay curve obtained using initiation inhibitor, rifampicin, consists of two phases: residual RNA synthesis, a delay in the interruption of steady state that is dependent on distance relative to the mRNA's 5′ end, and the exponential decay. This gives a more accurate RNA lifetime and RNA polymerase elongation rate simultaneously genome-wide. Transcripts typically have a single RNA decay constant along all positions, which is distinct between different operons, indicating that RNA stability is unlikely determined by local sequences. These measurements allowed us to establish a model for RNA processing involving co-transcriptional degradation, providing quantitative description of the macromolecular coordination in gene expression in bacteria on a system-wide level.
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影响因子：
12.3
作者：
Kristoffersen SM;Haase C;Weil MR;Passalacqua KD;Niazi F;Hutchison SK;Desany B;Kolstø AB;Tourasse NJ;Read TD;Økstad OA
通讯作者：
Økstad OA
影响因子：
2
作者：
Deneke, Carlus;Lipowsky, Reinhard;Valleriani, Angelo
通讯作者：
Valleriani, Angelo
影响因子：
64.8
作者：
MORIKAWA, N;IMAMOTO, F
通讯作者：
IMAMOTO, F
影响因子：
64.8
作者：
MORSE, DE;MOSTELLER, R;YANOFSKY, C
通讯作者：
YANOFSKY, C
DOI：
10.1101/sqb.1970.035.01.060
发表时间：
1970-01-01
期刊：
COLD SPRING HARBOR SYMPOSIA ON QUANTITATIVE BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
MOSTELLER, RD;ROSE, JK;YANOFSKY, C
通讯作者：
YANOFSKY, C