A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation.
A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation.
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DOI：
10.1093/nar/gkab1301
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发表时间：
2022-02-22
影响因子：
14.9
通讯作者：
Baldwin GS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dwijayanti A;Storch M;Stan GB;Baldwin GS
合理设计和实现模块化、正交和稳健的简单易用的遗传控制元件对于构建日益复杂的可预测和可靠的生物系统至关重要。为此，我们引入模块化人工RNA干扰（mARi），一个合理的，模块化的和可扩展的设计框架，使强大的，便携式的和多路复用的基因表达在大肠杆菌的转录后调控。mARi的调控功能在一系列相关的遗传背景下进行了表征，证明了其与其他遗传控制元件和感兴趣的基因的独立性，并为E.大肠杆菌，而一系列的细胞环境也表明它是独立的生长阶段和菌株类型。重要的是，mARi的可延伸性和正交性使得多基因系统能够同时作为单基因盒和多顺反子操纵子进行转录后调节。为了便于采用，mARi被设计为直接集成到模块化的BASIC DNA组装框架中。我们预计，在一个可扩展的DNA组装框架内基于mARi的遗传控制将促进代谢工程，分层遗传控制和先进的遗传电路应用。
The rational design and realisation of simple-to-use genetic control elements that are modular, orthogonal and robust is essential to the construction of predictable and reliable biological systems of increasing complexity. To this effect, we introduce modular Artificial RNA interference (mARi), a rational, modular and extensible design framework that enables robust, portable and multiplexed post-transcriptional regulation of gene expression in Escherichia coli. The regulatory function of mARi was characterised in a range of relevant genetic contexts, demonstrating its independence from other genetic control elements and the gene of interest, and providing new insight into the design rules of RNA based regulation in E. coli, while a range of cellular contexts also demonstrated it to be independent of growth-phase and strain type. Importantly, the extensibility and orthogonality of mARi enables the simultaneous post-transcriptional regulation of multi-gene systems as both single-gene cassettes and poly-cistronic operons. To facilitate adoption, mARi was designed to be directly integrated into the modular BASIC DNA assembly framework. We anticipate that mARi-based genetic control within an extensible DNA assembly framework will facilitate metabolic engineering, layered genetic control, and advanced genetic circuit applications.
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影响因子：
11.3
作者：
Beisel CL;Storz G
通讯作者：
Storz G
影响因子：
14.9
作者：
Brosse A;Korobeinikova A;Gottesman S;Guillier M
通讯作者：
Guillier M
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
2.6
作者：
in't Veld, Robert A. G. Huis;Kramer, Gertjan;Pannekoek, Yvonne
通讯作者：
Pannekoek, Yvonne
DOI：
10.1007/s11693-015-9177-7
发表时间：
2015-09-01
期刊：
Systems and synthetic biology
影响因子：
--
作者：
Massaiu, Ilaria;Pasotti, Lorenzo;Magni, Paolo
通讯作者：
Magni, Paolo