Ribosome Flow Model on a Ring
Ribosome Flow Model on a Ring
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环上的核糖体流动模型
DOI：
10.1109/tcbb.2015.2418782
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
T. Tuller
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Alon Raveh;Yoram Zarai;M. Margaliot;T. Tuller
非对称简单不相容过程（ASEP）是统计物理中的一个重要模型，描述了粒子沿着有序的点阵随机地从一个点阵跳到下一个点阵，但前提是下一个点阵是空的。ASEP已被用于模拟和分析许多具有局部相互作用的多主体系统，包括核糖体沿着mRNA链的流动。在具有周期性边界条件的ASEP中，粒子从最后一个位置跳回到第一个位置。该模型的平均场近似称为环状核糖体流动模型（RFMR）。RFMR可用于模拟合成和内源性基因表达机制。我们用单调动力系统理论分析了RFMR。我们证明了它允许平衡点的连续统，并且每个轨迹收敛于一个平衡点。此外，我们表明它在位点之间具有周期性的跃迁速率。我们描述了分析结果对体外和体内循环mRNA翻译的理解和工程意义。
The asymmetric simple exclusion process (ASEP) is an important model from statistical physics describing particles that hop randomly from one site to the next along an ordered lattice of sites, but only if the next site is empty. ASEP has been used to model and analyze numerous multiagent systems with local interactions including the flow of ribosomes along the mRNA strand. In ASEP with periodic boundary conditions a particle that hops from the last site returns to the first one. The mean field approximation of this model is referred to as the ribosome flow model on a ring (RFMR). The RFMR may be used to model both synthetic and endogenous gene expression regimes. We analyze the RFMR using the theory of monotone dynamical systems. We show that it admits a continuum of equilibrium points and that every trajectory converges to an equilibrium point. Furthermore, we show that it entrains to periodic transition rates between the sites. We describe the implications of the analysis results to understanding and engineering cyclic mRNA translation in-vitro and in-vivo.
影响因子：
16
作者：
Richards J;Liu Q;Pellegrini O;Celesnik H;Yao S;Bechhofer DH;Condon C;Belasco JG
通讯作者：
Belasco JG
影响因子：
16
作者：
Skabkin, Maxim A.;Skabkina, Olga V.;Hellen, Christopher U. T.;Pestova, Tatyana V.
通讯作者：
Pestova, Tatyana V.
酵母中无义介导的 mRNA 衰变所需的因子通过核输出信号序列从细胞核输出到细胞质。
影响因子：
4
作者：
Shirley,RL;Lelivelt,MJ;Schenkman,LR;Dahlseid,JN;Culbertson,MR
通讯作者：
Culbertson,MR