Broadly Applicable Control Approaches Improve Accuracy of ChIP-Seq Data.
Broadly Applicable Control Approaches Improve Accuracy of ChIP-Seq Data.
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DOI：
10.3390/ijms24119271
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发表时间：
2023-05-25
影响因子：
5.6
通讯作者：
Aparicio, Oscar M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Petrie, Meghan V.;He, Yiwei;Gan, Yan;Ostrow, Andrew Zachary;Aparicio, Oscar M.
染色质免疫沉淀 (ChIP) 是一种广泛使用的体内蛋白质-DNA 相互作用分析方法；然而，ChIP 也存在缺陷，特别是数据中存在假阳性信号富集现象。我们开发了一种控制 ChIP 中非特异性富集的新方法，该方法涉及由于共享表位标签而使 IP 中靶向的非基因组结合蛋白与实验目标蛋白一起表达。蛋白质的 ChIP 为非特异性富集提供了一个“传感器”，可用于实验数据的标准化，从而校正非特异性信号并提高数据质量，根据我们测试的几种蛋白质（包括 Fkh1、Orc1、Mcm4 和 Sir2）的已知结合位点进行验证。我们还测试了 DNA 结合突变体方法，并表明，在可行的情况下，目标蛋白的位点特异性 DNA 结合突变体的 ChIP 可能是理想的对照。这些方法极大地改善了我们在酿酒酵母中的 ChIP-seq 结果，并且应该适用于其他系统。
Chromatin ImmunoPrecipitation (ChIP) is a widely used method for the analysis of protein–DNA interactions in vivo; however, ChIP has pitfalls, particularly false-positive signal enrichment that permeates the data. We have developed a new approach to control for non-specific enrichment in ChIP that involves the expression of a non-genome-binding protein targeted in the IP alongside the experimental target protein due to the sharing of epitope tags. ChIP of the protein provides a “sensor” for non-specific enrichment that can be used for the normalization of the experimental data, thereby correcting for non-specific signals and improving data quality as validated against known binding sites for several proteins that we tested, including Fkh1, Orc1, Mcm4, and Sir2. We also tested a DNA-binding mutant approach and showed that, when feasible, ChIP of a site-specific DNA-binding mutant of the target protein is likely an ideal control. These methods vastly improve our ChIP-seq results in S. cerevisiae and should be applicable in other systems.
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