DictyBase 2013: integrating multiple Dictyostelid species.
DictyBase 2013: integrating multiple Dictyostelid species.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gks1064
复制
发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Chisholm RL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Basu S;Fey P;Pandit Y;Dodson R;Kibbe WA;Chisholm RL
dictyBase（http：dictybase.org）是社会性阿米巴Dictyosteelicdiscoideum的模式生物数据库。这篇文章提供了以前介绍过的关于dictyBase的最新情况。在过去的3年中，dictyBase已经取得了重大进展，成为一个基因组门户网站的整个阿米巴进化枝。在其最新版本中，dictyBase已按比例扩大以托管多个网柄藻，包括紫色网柄藻[Sucgang、Kuo、Tian、萨莱诺、Parikh、Feasley、Dalin、Tu、Huang、巴里等人，（2011）（社会阿米巴Dictyosteelium discoideum和Dictyosteelium purpureum的比较基因组学。基因组生物学，12，R20）]、Dictyosteophilus fasciculatum和Polysphondyophilus pallidum [Heidel，Lawal，Felder，Sunday，Helps，Tunggal，Rivero，John，Schleicher，Eichinger et al.（2011）（Phylogeny-wide analysis of social amoeba genomes highlights ancient origins for complex intercellular communication.基因组研究，21，1882-1891）]。新版本包括一个新的基因组浏览器与RNAseq表达，物种间基本局部比对搜索工具比对和一个统一的基本局部比对搜索工具搜索跨物种比较。
dictyBase (http://dictybase.org) is the model organism database for the social amoeba Dictyostelium discoideum. This contribution provides an update on dictyBase that has been previously presented. During the past 3 years, dictyBase has taken significant strides toward becoming a genome portal for the whole Amoebozoa clade. In its latest release, dictyBase has scaled up to host multiple Dictyostelids, including Dictyostelium purpureum [Sucgang, Kuo, Tian, Salerno, Parikh, Feasley, Dalin, Tu, Huang, Barry et al.(2011) (Comparative genomics of the social amoebae Dictyostelium discoideum and Dictyostelium purpureum. Genome Biol., 12, R20)], Dictyostelium fasciculatum and Polysphondylium pallidum [Heidel, Lawal, Felder, Schilde, Helps, Tunggal, Rivero, John, Schleicher, Eichinger et al. (2011) (Phylogeny-wide analysis of social amoeba genomes highlights ancient origins for complex intercellular communication. Genome Res., 21, 1882–1891)]. The new release includes a new Genome Browser with RNAseq expression, interspecies Basic Local Alignment Search Tool alignments and a unified Basic Local Alignment Search Tool search for cross-species comparisons.
登录
查看更多内容
影响因子：
12.3
作者：
Sucgang R;Kuo A;Tian X;Salerno W;Parikh A;Feasley CL;Dalin E;Tu H;Huang E;Barry K;Lindquist E;Shapiro H;Bruce D;Schmutz J;Salamov A;Fey P;Gaudet P;Anjard C;Babu MM;Basu S;Bushmanova Y;van der Wel H;Katoh-Kurasawa M;Dinh C;Coutinho PM;Saito T;Elias M;Schaap P;Kay RR;Henrissat B;Eichinger L;Rivero F;Putnam NH;West CM;Loomis WF;Chisholm RL;Shaulsky G;Strassmann JE;Queller DC;Kuspa A;Grigoriev IV
通讯作者：
Grigoriev IV
DOI：
10.1126/science.1130670
发表时间：
2006-10-27
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Schaap P;Winckler T;Nelson M;Alvarez-Curto E;Elgie B;Hagiwara H;Cavender J;Milano-Curto A;Rozen DE;Dingermann T;Mutzel R;Baldauf SL
通讯作者：
Baldauf SL
影响因子：
12.3
作者：
Parikh A;Miranda ER;Katoh-Kurasawa M;Fuller D;Rot G;Zagar L;Curk T;Sucgang R;Chen R;Zupan B;Loomis WF;Kuspa A;Shaulsky G
通讯作者：
Shaulsky G
影响因子：
14.9
作者：
Chisholm, Rex L.;Gaudet, Pascale;Kibbe, Warren A.
通讯作者：
Kibbe, Warren A.
影响因子：
7
作者：
Stein, LD;Mungall, C;Lewis, S
通讯作者：
Lewis, S