Protein-protein complex structure predictions by multimeric threading and template recombination.
Protein-protein complex structure predictions by multimeric threading and template recombination.
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蛋白质 - 蛋白质复合结构通过多聚螺纹和模板重组进行预测。
DOI：
10.1016/j.str.2011.04.006
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发表时间：
2011-07-13
期刊：
影响因子：
5.7
通讯作者：
Zhang, Yang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mukherjee, Srayanta;Zhang, Yang
在PDB中，蛋白质-蛋白质复合结构的数量几乎是三级结构的六分之一，这限制了基于同源的方法对复杂结构建模的能力。我们提出了一种新的线索重组方法COTH，通过将三级结构模板与复杂比对相结合来提高蛋白质复杂结构库的容量。在从头算结合位点预测的指导下，首先使用修改的动态规划算法将查询序列与复杂模板进行比对。然后通过结构比对将单体比对转移到多聚体模板框架。COTH在500个非同源二聚体蛋白质上进行了测试，在排除同源模板后，可以成功检测到一半的情况下正确的模板，显著优于传统的同源建模算法。与ZDOCK的无约束结构的刚体对接相比，该方法的界面建模精度更高，但覆盖率更低。这些数据展示了从非同源模板模拟复杂结构的新途径。
The number of protein-protein complex structures is nearly 6-times smaller than that of tertiary structures in PDB which limits the power of homology-based approaches to complex structure modeling. We present a new threading-recombination approach, COTH, to boost the protein complex structure library by combining tertiary structure templates with complex alignments. The query sequences are first aligned to complex templates using a modified dynamic programming algorithm, guided by ab initio binding-site predictions. The monomer alignments are then shifted to the multimeric template framework by structural alignments. COTH was tested on 500 non-homologous dimeric proteins, which can successfully detect correct templates for half of the cases after homologous templates are excluded, which significantly outperforms conventional homology modeling algorithms. It also shows a higher accuracy in interface modeling than rigid-body docking of unbound structures from ZDOCK although with lower coverage. These data demonstrate new avenues to model complex structures from non-homologous templates.
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