Treemmer: a tool to reduce large phylogenetic datasets with minimal loss of diversity.
Treemmer: a tool to reduce large phylogenetic datasets with minimal loss of diversity.
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DOI：
10.1186/s12859-018-2164-8
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发表时间：
2018-05-02
影响因子：
3
通讯作者：
Gagneux S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Menardo F;Loiseau C;Brites D;Coscolla M;Gygli SM;Rutaihwa LK;Trauner A;Beisel C;Borrell S;Gagneux S
大型序列数据集难以可视化和处理。此外，它们往往不代表自然多样性的随机子集，而是不协调和方便采样的结果。因此，它们可能会受到冗余和抽样偏差的影响。在这里，我们提出了Treemmer，一个简单的工具来评估冗余的系统发育树，并通过消除叶，贡献最少的树的多样性，降低其复杂性。Treemmer可以减少具有不同系统发育结构和冗余水平的数据集的大小，同时保持代表原始多样性的子样本。此外，还可以微调Treemmer的行为，包括任何类型的元信息，这使得Treemmer对实证研究特别有用。本文的在线版本（10.1186/s12859-018-2164-8）包含补充材料，可供授权用户使用。
Large sequence datasets are difficult to visualize and handle. Additionally, they often do not represent a random subset of the natural diversity, but the result of uncoordinated and convenience sampling. Consequently, they can suffer from redundancy and sampling biases. Here we present Treemmer, a simple tool to evaluate the redundancy of phylogenetic trees and reduce their complexity by eliminating leaves that contribute the least to the tree diversity. Treemmer can reduce the size of datasets with different phylogenetic structures and levels of redundancy while maintaining a sub-sample that is representative of the original diversity. Additionally, it is possible to fine-tune the behavior of Treemmer including any kind of meta-information, making Treemmer particularly useful for empirical studies. The online version of this article (10.1186/s12859-018-2164-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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