Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees.
Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees.
复制标题
树突镜：大型系统发育树的互动观众。
DOI：
10.1186/1471-2105-8-460
复制
发表时间：
2007-11-22
影响因子：
3
通讯作者：
Rupp, Regula
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huson, Daniel H.;Richter, Daniel C.;Rausch, Christian;Dezulian, Tobias;Franz, Markus;Rupp, Regula
进化研究需要软件来可视化和编辑系统发育树，用于越来越大的数据集，例如表达分析或宏基因组学中出现的数据集。这将是可取的，有一个程序，提供这些服务在一个高效和用户友好的方式，并可以很容易地安装和运行在所有主要的操作系统。虽然有大量的树可视化工具是免费提供的，但其中一些作为更全面的分析包的一部分，在一个或多个领域都有缺点。它们要么缺乏一些标准的树木可视化技术或基本的图形和编辑功能，要么仅限于包含数万个分类群的小树。此外，许多程序很难安装或不适用于所有常见的操作系统。我们已经开发了一个新的程序，Dendroscope，用于系统发育树的交互式可视化和导航。该程序提供了所有标准的树可视化，并进行了优化，以交互式运行在包含数十万分类群的树木上。该程序提供了树编辑和图形导出功能。为了支持大型树木的检查，Dendroscope提供了一个放大工具。该软件是用Java 1.4编写的，并为Linux/Unix、MacOS X和Windows XP提供安装程序。Dendroscope是一个用户友好的程序，用于可视化和导航系统发育树，适用于小型和大型数据集。
Research in evolution requires software for visualizing and editing phylogenetic trees, for increasingly very large datasets, such as arise in expression analysis or metagenomics, for example. It would be desirable to have a program that provides these services in an effcient and user-friendly way, and that can be easily installed and run on all major operating systems. Although a large number of tree visualization tools are freely available, some as a part of more comprehensive analysis packages, all have drawbacks in one or more domains. They either lack some of the standard tree visualization techniques or basic graphics and editing features, or they are restricted to small trees containing only tens of thousands of taxa. Moreover, many programs are diffcult to install or are not available for all common operating systems. We have developed a new program, Dendroscope, for the interactive visualization and navigation of phylogenetic trees. The program provides all standard tree visualizations and is optimized to run interactively on trees containing hundreds of thousands of taxa. The program provides tree editing and graphics export capabilities. To support the inspection of large trees, Dendroscope offers a magnification tool. The software is written in Java 1.4 and installers are provided for Linux/Unix, MacOS X and Windows XP. Dendroscope is a user-friendly program for visualizing and navigating phylogenetic trees, for both small and large datasets.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.8
作者：
Zmasek, CM;Eddy, SR
通讯作者：
Eddy, SR
影响因子：
6.2
作者：
Munzner, T;Guimbretière, F;Zhou, YH
通讯作者：
Zhou, YH
影响因子：
9.5
作者：
Kumar, S;Tamura, K;Nei, M
通讯作者：
Nei, M
影响因子：
3
作者：
Chevenet F;Brun C;Bañuls AL;Jacq B;Christen R
通讯作者：
Christen R
影响因子：
10.7
作者：
Huson, DH;Bryant, D
通讯作者：
Bryant, D