A proteogenomic update to Yersinia: enhancing genome annotation.
A proteogenomic update to Yersinia: enhancing genome annotation.
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DOI：
10.1186/1471-2164-11-460
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发表时间：
2010-08-05
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Pieper R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Payne SH;Huang ST;Pieper R
现代生物医学研究有赖于完整、准确的蛋白质组学。随着新测序技术的广泛采用，基因组序列以接近指数的速度产生，减少了可以投资于基因组注释的时间和精力。最终得到的基因集甚至在最基本的注释形式--蛋白质的一级结构--中都包含许多错误。将实验蛋白质组学数据应用于基因组注释，称为蛋白质组学，可以快速有效地发现错误注释，产生更准确和完整的基因组注释。我们对鼠疫耶尔森氏菌进行了全面的蛋白质组学分析。我们发现非注释基因，纠正蛋白质边界，移除错误注释的ORF，并在准确识别信号肽方面取得重大进展。最后，我们将我们的数据应用于其他21个耶尔森氏菌基因组，更正和增强了它们的注释。总共有141个基因模型在RefSeq和Genbank中被更改和更新，这些模型可以通过任何NCBI工具(例如BLAST)无缝访问或直接下载。随着改进的基因模型，我们发现了在蛋白质组学数据中识别信号肽的新的、更准确的方法。
Modern biomedical research depends on a complete and accurate proteome. With the widespread adoption of new sequencing technologies, genome sequences are generated at a near exponential rate, diminishing the time and effort that can be invested in genome annotation. The resulting gene set contains numerous errors in even the most basic form of annotation: the primary structure of the proteins. The application of experimental proteomics data to genome annotation, called proteogenomics, can quickly and efficiently discover misannotations, yielding a more accurate and complete genome annotation. We present a comprehensive proteogenomic analysis of the plague bacterium, Yersinia pestis KIM. We discover non-annotated genes, correct protein boundaries, remove spuriously annotated ORFs, and make major advances towards accurate identification of signal peptides. Finally, we apply our data to 21 other Yersinia genomes, correcting and enhancing their annotations. In total, 141 gene models were altered and have been updated in RefSeq and Genbank, which can be accessed seamlessly through any NCBI tool (e.g. blast) or downloaded directly. Along with the improved gene models we discover new, more accurate means of identifying signal peptides in proteomics data.
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