RNA-RNA interactions enable specific targeting of noncoding RNAs to nascent Pre-mRNAs and chromatin sites.
RNA-RNA interactions enable specific targeting of noncoding RNAs to nascent Pre-mRNAs and chromatin sites.
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DOI：
10.1016/j.cell.2014.08.018
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发表时间：
2014-09-25
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Lander ES
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Engreitz JM;Sirokman K;McDonel P;Shishkin AA;Surka C;Russell P;Grossman SR;Chow AY;Guttman M;Lander ES
许多非编码 RNA (ncRNA) 利用分子间 RNA-RNA 相互作用来实现其不同的功能。为了帮助识别这些接触，我们开发了一种基于 RNA 反义纯化的方法来系统地绘制 RNA-RNA 相互作用 (RAP-RNA) 并将其应用于研究与 RNA 加工有关的两种 ncRNA：U1 snRNA（剪接体的一个组成部分）和 Malat1（一种定位于核斑点的 lncRNA）。 U1 和 Malat1 通过不同的靶向机制与新生转录本相互作用。使用差异交联，我们证实 U1 直接与整个内含子的 5' 剪接位点和 5'-剪接位点基序杂交，并发现 Malat1 通过蛋白质中间体间接与前 mRNA 相互作用。与新生的前体 mRNA 的相互作用导致 U1 和 Malat1 定位在活性基因的染色质近端，这表明 ncRNA 可以利用 RNA-RNA 相互作用来靶向特定的前体 mRNA 和基因组位点。 RAP-RNA 对较低丰度的 RNA 也很敏感，因此通常适用于研究 ncRNA。
Intermolecular RNA-RNA interactions are used by many noncoding RNAs (ncRNAs) to achieve their diverse functions. To aid in identifying these contacts, we developed a method based on RNA Antisense Purification to systematically map RNA-RNA interactions (RAP-RNA) and applied it to investigate two ncRNAs implicated in RNA processing: U1 snRNA, a component of the spliceosome, and Malat1, a lncRNA that localizes to nuclear speckles. U1 and Malat1 interact with nascent transcripts through distinct targeting mechanisms. Using differential crosslinking, we confirmed that U1 directly hybridizes to both 5’ splice sites and 5’-splice-site motifs throughout introns and found that Malat1 interacts with pre-mRNAs indirectly through protein intermediates. Interactions with nascent pre-mRNAs cause U1 and Malat1 to localize proximally to chromatin at active genes, demonstrating that ncRNAs can use RNA-RNA interactions to target specific pre-mRNAs and genomic sites. RAP-RNA is sensitive to lower abundance RNAs as well, making it generally applicable for investigating ncRNAs.
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影响因子：
10.5
作者：
Ni, Julie Z.;Grate, Leslie;Ares, Manuel, Jr.
通讯作者：
Ares, Manuel, Jr.
影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
10.5
作者：
Cabili, Moran N.;Trapnell, Cole;Rinn, John L.
通讯作者：
Rinn, John L.
DOI：
10.1126/science.1237973
发表时间：
2013-08-16
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Engreitz JM;Pandya-Jones A;McDonel P;Shishkin A;Sirokman K;Surka C;Kadri S;Xing J;Goren A;Lander ES;Plath K;Guttman M
通讯作者：
Guttman M