A gene expression atlas for different kinds of stress in the mouse brain.
A gene expression atlas for different kinds of stress in the mouse brain.
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小鼠大脑中各种应力的基因表达图集。
DOI：
10.1038/s41597-020-00772-z
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发表时间：
2020-12-16
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Castrignanò T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Flati T;Gioiosa S;Chillemi G;Mele A;Oliverio A;Mannironi C;Rinaldi A;Castrignanò T
压力体验是日常生活的一部分，动物已经进化出旨在应对压力和维持体内平衡的生理和行为反应。然而，反复的或强烈的压力会引起适应不良的反应，导致行为障碍。由基因表达变化介导的大脑适应在应激反应中起着至关重要的作用。近年来，关于胁迫对转录影响的研究有了很大的增加。输入的原始数据可从公共数据库免费获得，为进一步的全球和综合回顾性分析提供了丰富的信息。我们从Sequence Read Archive下载了751个样本（SRA实验），这些样本来自18个独立的生物项目，这些项目研究了不同压力源对小鼠大脑转录组的影响。我们进行了大量的生物信息学重新分析，应用单个标准化管道计算差异基因表达。这种数据挖掘允许识别新的候选压力相关基因和与不同压力条件相关的特定特征。产生的大量计算结果在交互式“压力小鼠门户”中系统化。
Stressful experiences are part of everyday life and animals have evolved physiological and behavioral responses aimed at coping with stress and maintaining homeostasis. However, repeated or intense stress can induce maladaptive reactions leading to behavioral disorders. Adaptations in the brain, mediated by changes in gene expression, have a crucial role in the stress response. Recent years have seen a tremendous increase in studies on the transcriptional effects of stress. The input raw data are freely available from public repositories and represent a wealth of information for further global and integrative retrospective analyses. We downloaded from the Sequence Read Archive 751 samples (SRA-experiments), from 18 independent BioProjects studying the effects of different stressors on the brain transcriptome in mice. We performed a massive bioinformatics re-analysis applying a single, standardized pipeline for computing differential gene expression. This data mining allowed the identification of novel candidate stress-related genes and specific signatures associated with different stress conditions. The large amount of computational results produced was systematized in the interactive “Stress Mice Portal”.
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影响因子：
3.7
作者：
Binder, E. B.;Kuenzel, H. E.;Holsboer, F.
通讯作者：
Holsboer, F.
DOI：
10.1017/s1461145712000168
发表时间：
2013-03-01
影响因子：
4.8
作者：
Benekareddy, Madhurima;Nair, Amrita R.;Vaidya, Vidita A.
通讯作者：
Vaidya, Vidita A.
影响因子：
5.1
作者：
Bondar, Natalya;Bryzgalov, Leonid;Merkulova, Tatiana
通讯作者：
Merkulova, Tatiana
影响因子：
8.8
作者：
Cheng, Ying;Sun, Miao;Jin, Peng
通讯作者：
Jin, Peng
DOI：
10.1111/j.1750-3639.2008.00195.x
发表时间：
2009-10
期刊：
Brain pathology (Zurich, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Bonneh-Barkay D;Wiley CA
通讯作者：
Wiley CA