ClustVis: a web tool for visualizing clustering of multivariate data using Principal Component Analysis and heatmap.
ClustVis: a web tool for visualizing clustering of multivariate data using Principal Component Analysis and heatmap.
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DOI：
10.1093/nar/gkv468
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Vilo J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Metsalu T;Vilo J
主成分分析(PCA)是一种广泛使用的高维数据降维方法，通常是将散点图上的两个成分可视化。虽然这种方法得到了广泛的应用，但它缺乏一个易于使用的网络界面，几乎没有编程技能的科学家可以使用它来绘制自己的数据曲线图。这同样适用于创建热图：可以为Excel单元格添加条件格式以显示彩色热图，但对于更高级的功能，如集群和实验性注释，必须使用更复杂的分析工具。我们提出了一个名为ClustVis的Web工具，旨在拥有一个直观的用户界面。用户可以从简单的分隔文本文件上传数据，该文件可以在电子表格程序中创建。可以通过使用下拉菜单、文本框、滑块等修改数据处理方法以及PCA和热图绘图的最终外观。提供适当的缺省值，以减少用户指定输入参数所需的时间。作为输出，用户可以下载首选文件格式之一的PCA绘图和热图。此Web服务器可在http://biit.cs.ut.ee/clustvis/.上免费获得
The Principal Component Analysis (PCA) is a widely used method of reducing the dimensionality of high-dimensional data, often followed by visualizing two of the components on the scatterplot. Although widely used, the method is lacking an easy-to-use web interface that scientists with little programming skills could use to make plots of their own data. The same applies to creating heatmaps: it is possible to add conditional formatting for Excel cells to show colored heatmaps, but for more advanced features such as clustering and experimental annotations, more sophisticated analysis tools have to be used. We present a web tool called ClustVis that aims to have an intuitive user interface. Users can upload data from a simple delimited text file that can be created in a spreadsheet program. It is possible to modify data processing methods and the final appearance of the PCA and heatmap plots by using drop-down menus, text boxes, sliders etc. Appropriate defaults are given to reduce the time needed by the user to specify input parameters. As an output, users can download PCA plot and heatmap in one of the preferred file formats. This web server is freely available at http://biit.cs.ut.ee/clustvis/.
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