g:Profiler--a web server for functional interpretation of gene lists (2011 update).
g:Profiler--a web server for functional interpretation of gene lists (2011 update).
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G：Profiler- - 用于基因列表功能解释的Web服务器（2011年更新）。
DOI：
10.1093/nar/gkr378
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Vilo J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Reimand J;Arak T;Vilo J
候选基因序列的功能解释是现代生物医学研究的重要内容。在这里，我们介绍了g：Profiler（http：//biit.cs.ut.ee/gprofiler/）的2011年更新，这是一个流行的函数分析Web工具集。g：GOSt和g：可可联合收割机结合了全面的方法，用于在生物医学本体、途径、转录因子和microRNA调控基序以及蛋白质-蛋白质相互作用的背景下解释基因列表、有序列表和列表集合。其他工具，即生物分子ID映射服务（g：Convert）、基因表达相似性搜索器（g：Sorter）和基因同源性搜索器（g：Orth）提供了多种进一步分析和解释的方法。在这次更新中，我们实现了社区感兴趣的几个功能：（i）单核苷酸多态性和其他DNA多态性的功能分析得到了染色体查询的支持;（ii）网络分析识别了基因列表中丰富的蛋白质-蛋白质相互作用模块;（iii）功能分析涵盖了人类疾病基因;（iv）改进的统计和过滤提供了更简洁的结果。g：Profiler是一个定期更新的资源，可用于广泛的物种，包括哺乳动物，植物，真菌和昆虫。
Functional interpretation of candidate gene lists is an essential task in modern biomedical research. Here, we present the 2011 update of g:Profiler (http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/), a popular collection of web tools for functional analysis. g:GOSt and g:Cocoa combine comprehensive methods for interpreting gene lists, ordered lists and list collections in the context of biomedical ontologies, pathways, transcription factor and microRNA regulatory motifs and protein–protein interactions. Additional tools, namely the biomolecule ID mapping service (g:Convert), gene expression similarity searcher (g:Sorter) and gene homology searcher (g:Orth) provide numerous ways for further analysis and interpretation. In this update, we have implemented several features of interest to the community: (i) functional analysis of single nucleotide polymorphisms and other DNA polymorphisms is supported by chromosomal queries; (ii) network analysis identifies enriched protein–protein interaction modules in gene lists; (iii) functional analysis covers human disease genes; and (iv) improved statistics and filtering provide more concise results. g:Profiler is a regularly updated resource that is available for a wide range of species, including mammals, plants, fungi and insects.
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