GoPeaks: histone modification peak calling for CUT&Tag.
GoPeaks: histone modification peak calling for CUT&Tag.
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DOI：
10.1186/s13059-022-02707-w
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发表时间：
2022-07-04
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
组蛋白修饰的全基因组作图对于理解转录调控至关重要。CUT&Tag是一种用于分析组蛋白修饰的新方法，与ChIP-seq相比，具有更高的灵敏度和更低的成本。在这里，我们提出了GoPeaks，一个专门为组蛋白修饰CUT&Tag数据设计的峰调用方法。我们将GoPeaks的性能与常用的峰调用算法进行比较，以检测显示一系列峰轮廓并经常用于表观遗传学研究的组蛋白修饰。我们发现GoPeaks可以稳健地检测全基因组组的组蛋白修饰，并且值得注意的是，与其他标准算法相比，它识别了大量的H3 K27 ac峰，并且灵敏度有所提高。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13059-022-02707-w获得。
Genome-wide mapping of histone modifications is critical to understanding transcriptional regulation. CUT&Tag is a new method for profiling histone modifications, offering improved sensitivity and decreased cost compared with ChIP-seq. Here, we present GoPeaks, a peak calling method specifically designed for histone modification CUT&Tag data. We compare the performance of GoPeaks against commonly used peak calling algorithms to detect histone modifications that display a range of peak profiles and are frequently used in epigenetic studies. We find that GoPeaks robustly detects genome-wide histone modifications and, notably, identifies a substantial number of H3K27ac peaks with improved sensitivity compared to other standard algorithms. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-022-02707-w.
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