ChipSeg: An Automatic Tool to Segment Bacterial and Mammalian Cells Cultured in Microfluidic Devices.
ChipSeg: An Automatic Tool to Segment Bacterial and Mammalian Cells Cultured in Microfluidic Devices.
复制标题
Chipseg：一种自动工具，用于分割细菌和哺乳动物细胞，并在微流体设备中培养。
DOI：
10.1021/acsomega.0c03906
复制
发表时间：
2021-02-02
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Marucci L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
de Cesare I;Zamora-Chimal CG;Postiglione L;Khazim M;Pedone E;Shannon B;Fiore G;Perrino G;Napolitano S;di Bernardo D;Savery NJ;Grierson C;di Bernardo M;Marucci L
从延时图像中提取定量测量值在外部反馈控制应用中是必要的，其中分割结果用于通知控制算法。我们描述了ChipSeg，一种计算工具，它可以分割在微流体装置中培养的细菌和哺乳动物细胞，并通过延时显微镜成像，它也可以用于外部反馈控制的背景下。该方法是基于阈值，并使用相同的核心功能的两种细胞类型。它使我们能够在高细胞密度微流体装置中分割单个细胞，在延时实验中量化荧光蛋白表达，并跟踪单个哺乳动物细胞。ChipSeg能够在外部反馈控制实验中实现稳健的分割，并且可以轻松地针对其他实验设置和研究目标进行定制。
Extracting quantitative measurements from time-lapse images is necessary in external feedback control applications, where segmentation results are used to inform control algorithms. We describe ChipSeg, a computational tool that segments bacterial and mammalian cells cultured in microfluidic devices and imaged by time-lapse microscopy, which can be used also in the context of external feedback control. The method is based on thresholding and uses the same core functions for both cell types. It allows us to segment individual cells in high cell density microfluidic devices, to quantify fluorescent protein expression over a time-lapse experiment, and to track individual mammalian cells. ChipSeg enables robust segmentation in external feedback control experiments and can be easily customized for other experimental settings and research aims.
登录
查看更多内容
影响因子：
3
作者：
Bajcsy P;Cardone A;Chalfoun J;Halter M;Juba D;Kociolek M;Majurski M;Peskin A;Simon C;Simon M;Vandecreme A;Brady M
通讯作者：
Brady M
利用邻近信息进行超声图像中乳腺肿瘤分割的自适应模糊 C 均值方法
影响因子：
3.8
作者：
Feng, Yuan;Dong, Fenglin;Mutic, Sasa
通讯作者：
Mutic, Sasa
影响因子：
14.8
作者：
Ollion, Jean;Elez, Marina;Robert, Lydia
通讯作者：
Robert, Lydia
影响因子：
48
作者：
Eliceiri, Kevin W.;Berthold, Michael R.;Goldberg, Ilya G.;Ibanez, Luis;Manjunath, B. S.;Martone, Maryann E.;Murphy, Robert F.;Peng, Hanchuan;Plant, Anne L.;Roysam, Badrinath;Stuurmann, Nico;Swedlow, Jason R.;Tomancak, Pavel;Carpenter, Anne E.
通讯作者：
Carpenter, Anne E.
影响因子：
23.9
作者：
Parchem, Ronald J.;Ye, Julia;Blelloch, Robert
通讯作者：
Blelloch, Robert