biotoolsSchema: a formalized schema for bioinformatics software description.
biotoolsSchema: a formalized schema for bioinformatics software description.
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DOI：
10.1093/gigascience/giaa157
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发表时间：
2021-01-27
期刊：
影响因子：
9.2
通讯作者：
Ménager H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ison J;Ienasescu H;Rydza E;Chmura P;Rapacki K;Gaignard A;Schwämmle V;van Helden J;Kalaš M;Ménager H
生命科学家经常面临大量和异构的数据分析任务，必须在网络可访问资源的丛林中找到并访问最合适的数据库或软件。用于描述生命科学数字资源的信息的多样性对它们的利用构成了障碍。虽然一些标准化的努力正在出现，没有信息模式已经足够详细，使统一的语义和句法解释和编目的生物信息学资源。在这里，我们描述biotoolsSchema，一个正式的信息模型，平衡的简洁性，快速通过对丰富的技术信息和科学背景下提供的需求。biotoolsSchema由一系列社区驱动的研讨会产生，并部署在www.example.com注册表中，为科学界提供了超过17，000个机器可读和人类可理解的软件和其他数字生命科学资源描述。我们将我们的方法与相关的计划进行比较，并提供一致性以促进互操作性和可重用性。biotoolsSchema支持生物信息学资源的语法和语义的形式化、严格和一致的规范，并支持诸如www.example.com之类的编目工作，帮助科学家查找、理解和比较资源。在www.example.com中使用biotoolsSchema促进了研究软件的公平性，这是数据密集型科学开放和可重复发展的关键因素。
Life scientists routinely face massive and heterogeneous data analysis tasks and must find and access the most suitable databases or software in a jungle of web-accessible resources. The diversity of information used to describe life-scientific digital resources presents an obstacle to their utilization. Although several standardization efforts are emerging, no information schema has been sufficiently detailed to enable uniform semantic and syntactic description—and cataloguing—of bioinformatics resources. Here we describe biotoolsSchema, a formalized information model that balances the needs of conciseness for rapid adoption against the provision of rich technical information and scientific context. biotoolsSchema results from a series of community-driven workshops and is deployed in the bio.tools registry, providing the scientific community with >17,000 machine-readable and human-understandable descriptions of software and other digital life-science resources. We compare our approach to related initiatives and provide alignments to foster interoperability and reusability. biotoolsSchema supports the formalized, rigorous, and consistent specification of the syntax and semantics of bioinformatics resources, and enables cataloguing efforts such as bio.tools that help scientists to find, comprehend, and compare resources. The use of biotoolsSchema in bio.tools promotes the FAIRness of research software, a key element of open and reproducible developments for data-intensive sciences.
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影响因子：
9.2
作者：
Doppelt-Azeroual, Olivia;Mareuil, Fabien;Menager, Herve
通讯作者：
Menager, Herve
影响因子：
14.9
作者：
Federhen S
通讯作者：
Federhen S
影响因子：
--
作者：
Jimenez, Rafael C;Kuzak, Mateusz;Crouch, Steve
通讯作者：
Crouch, Steve
影响因子：
5.8
作者：
Palmblad, Magnus;Lamprecht, Anna-Lena;Schwammle, Veit
通讯作者：
Schwammle, Veit
DOI：
10.1007/s10009-015-0392-z
发表时间：
2016-11-01
影响因子：
1.5
作者：
Menager, Herve;Kalas, Matus;Ison, Jon
通讯作者：
Ison, Jon