Intra- and inter-chromosomal interactions correlate with CTCF binding genome wide.
Intra- and inter-chromosomal interactions correlate with CTCF binding genome wide.
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DOI：
10.1038/msb.2010.79
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发表时间：
2010-11-02
影响因子：
9.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
系统生物学的一个主要目标是综合利用现有的高通量基因组数据集，以更好地了解染色质的组织和基因组功能。在这份报告中，我们使用染色质免疫沉淀(ChIP)数据来映射基因组上的蛋白质结合位置，以及Hi-C数据来集成地映射基因组中DNA片段之间的相互作用。我们首先重新分析了用Hi-C确定的人类基因组的接触图，发现远程相互作用是高度非随机的；经常发现相同的DNA片段相互作用。然后，我们使用芯片数据表明，这些相互作用可以通过CCCTC结合因子(CTCF)的作用来解释。这些由CTCF介导的相互作用既存在于染色体内，也存在于不同染色体之间。这使得CTCF成为每条染色体内染色体纤维结构和细胞核内染色体区域的主要组织者。
A prime goal in systems biology is the comprehensive use of existing high-throughput genomic datasets to gain a better understanding of chromatin organization and genome function. In this report, we use chromatin immunoprecipitation (ChIP) data that map protein-binding sites on the genome, and Hi-C data that map interactions between DNA fragments in the genome in an integrative approach. We first reanalyzed the contact map of the human genome as determined with Hi-C and found that long-range interactions are highly nonrandom; the same DNA fragments are often found interacting together. We then show using ChIP data that these interactions can be explained by the action of the CCCTC-binding factor (CTCF). These CTCF-mediated interactions are found both within chromosomes and in between different chromosomes. This makes CTCF a major organizer of both the structure of the chromosomal fiber within each individual chromosome and of the chromosome territories within the cell nucleus.
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影响因子：
64.5
作者：
Kim, Tae Hoon;Abdullaev, Ziedulla K.;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
影响因子：
30.8
作者：
Zhao, Zhihu;Tavoosidana, Gholamreza;Ohlsson, Rolf
通讯作者：
Ohlsson, Rolf
DOI：
10.1073/pnas.0600326103
发表时间：
2006-07-11
影响因子：
11.1
作者：
Kurukuti, Sreenivasulu;Tiwari, Vijay Kumar;Ohlsson, Rolf
通讯作者：
Ohlsson, Rolf
影响因子：
48
作者：
Valouev, Anton;Johnson, David S.;Sundquist, Andreas;Medina, Catherine;Anton, Elizabeth;Batzoglou, Serafim;Myers, Richard M.;Sidow, Arend
通讯作者：
Sidow, Arend
DOI：
10.1002/bies.200900118
发表时间：
2010-01
期刊：
BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology
影响因子：
--
作者：
Ohlsson R;Lobanenkov V;Klenova E
通讯作者：
Klenova E