Does CTCF mediate between nuclear organization and gene expression?
Does CTCF mediate between nuclear organization and gene expression?
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DOI：
10.1002/bies.200900118
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发表时间：
2010-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Klenova E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ohlsson R;Lobanenkov V;Klenova E
多功能锌指蛋白CCCTC结合因子（CTCF）是协调编码序列的表达水平与其在核中的三维位置的作用的非常强的候选者，显然响应于DNA本身中的“密码”。核结构背景下染色质纤维之间的动态相互作用已经涉及基因组功能的各个方面。然而，这些相互作用的分子基础仍然是难以捉摸的，是一个激烈的辩论的主题。在这里，我们讨论了CTCF-DNA相互作用的性质，CTCF结合特异性，其结合位点和CTCF和染色质之间的关系，我们检查数据连接CTCF与基因调控的三维核空间。我们讨论了为什么这些功能使CTCF一个非常强大的候选人的作用，并提出了一个统一的模型，“CTCF代码”，解释了如何在DNA中加密的信息可能被解释成不同的核功能的CTCF的机械基础。
The multifunctional zinc-finger protein CCCTC-binding factor (CTCF) is a very strong candidate for the role of coordinating the expression level of coding sequences with their three-dimensional position in the nucleus, apparently responding to a ‘‘code’’ in the DNA itself. Dynamic interactions between chromatin fibers in the context of nuclear architecture have been implicated in various aspects of genome functions. However, the molecular basis of these interactions still remains elusive and is a subject of intense debate. Here we discuss the nature of CTCF-DNA interactions, the CTCF-binding specificity to its binding sites and the relationship between CTCF and chromatin, and we examine data linking CTCF with gene regulation in the three-dimensional nuclear space. We discuss why these features render CTCF a very strong candidate for the role and propose a unifying model, the ‘‘CTCF code,’’ explaining the mechanistic basis of how the information encrypted in DNA may be interpreted by CTCF into diverse nuclear functions.
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