Parallel RNA extraction using magnetic beads and a droplet array.
Parallel RNA extraction using magnetic beads and a droplet array.
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使用磁珠和液滴阵列平行提取 RNA。
DOI：
10.1039/c4lc01111b
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发表时间：
2015-02-21
期刊：
影响因子：
6.1
通讯作者：
Meldrum DR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shi X;Chen CH;Gao W;Chao SH;Meldrum DR
核酸提取是大多数基因组/转录组分析的必要步骤，但它通常需要复杂的机制才能集成到芯片实验室设备中。核酸提取是大多数基因组/转录组分析的必要步骤，但它通常需要复杂的机制来集成到芯片实验室设备中。在这里，我们提出了一个简单，有效的配置，从低浓度的细胞培养基中快速获得纯化的RNA。这种总RNA提取液滴阵列（TREDA）利用表面粘附液滴阵列，以促进磁性纯化珠通过无固体结构的单个缓冲溶液无缝运输。TREDA芯片的制造是快速的，不需要微制造设施或专业知识。整个过程不到5分钟。当从大量海洋硅藻样品中纯化mRNA时，其可重复性和提取效率与传统的基于管的操作相当。我们证明，TREDA可以提取约10个海洋硅藻细胞的总mRNA，表明TREDA的灵敏度接近个位数的细胞数。
Nucleic acid extraction is a necessary step for most genomic/transcriptomic analyses, but it often requires complicated mechanisms to be integrated into a lab-on-a-chip device. Nucleic acid extraction is a necessary step for most genomic/transcriptomic analyses, but it often requires complicated mechanisms to be integrated into a lab-on-a-chip device. Here, we present a simple, effective configuration for rapidly obtaining purified RNA from low concentration cell medium. This Total RNA Extraction Droplet Array (TREDA) utilizes an array of surface-adhering droplets to facilitate the transportation of magnetic purification beads seamlessly through individual buffer solutions without solid structures. The fabrication of TREDA chips is rapid and does not require a microfabrication facility or expertise. The process takes less than 5 minutes. When purifying mRNA from bulk marine diatom samples, its repeatability and extraction efficiency are comparable to conventional tube-based operations. We demonstrate that TREDA can extract the total mRNA of about 10 marine diatom cells, indicating that the sensitivity of TREDA approaches single-digit cell numbers.
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