Mechanistic insights into non-coding Y RNA processing.
Mechanistic insights into non-coding Y RNA processing.
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DOI：
10.1080/15476286.2022.2057725
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Dalmay T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Billmeier M;Green D;Hall AE;Turnbull C;Singh A;Xu P;Moxon S;Dalmay T
Y RNA (84–112 nt) 是由 RNA 聚合酶 III 转录的非编码 RNA，具有独特的二级结构。人类 Y RNA 与自身免疫蛋白 SSB 和 RO60 相互作用，共同形成核糖核蛋白 (RNP) 复合物，称为 RoRNP，Y RNA 还在 DNA 和 RNA 复制和稳定性中发挥调节作用，这对包括癌症在内的疾病具有重大影响。在细胞应激和细胞凋亡过程中，Y RNA 被切割成 3' 和 5' 末端片段，称为 Y RNA 衍生小 RNA (ysRNA)。尽管一些 ysRNA 在应激、细胞凋亡和癌症中的功能已被报道，但它们的基本生物发生机制尚未被描述。在这里，我们报告 3' 端 RNY5 裂解是结构依赖性的。在高通量诱变实验中，切割发生在包含高GC含量的双链茎上方的第二个和第三个nt之间。我们证明茎 S3 上方的内部环对于产生 3' 端 ysRNA (31 nt) 至关重要，突变体会导致更长的 ysRNA 或没有 ysRNA。我们发现 RNY5 22 位的 UGGGU 序列基序对于产生 5' 端 ysRNA（22-25 nt）至关重要。我们证明完整的 RO60 对于 ysRNA 生物发生至关重要。我们得出的结论是，核糖核酸酶 L (RNASEL) 有助于小鼠胚胎成纤维细胞中 Y RNA 的裂解，但并不是人类细胞中唯一重要的内切核糖核酸酶。
Y RNAs (84–112 nt) are non-coding RNAs transcribed by RNA polymerase III and are characterized by a distinctive secondary structure. Human Y RNAs interact with the autoimmune proteins SSB and RO60 that together form a ribonucleoprotein (RNP) complex termed RoRNP and Y RNAs also perform regulatory roles in DNA and RNA replication and stability, which has major implications for diseases including cancer. During cellular stress and apoptosis, Y RNAs are cleaved into 3’ and 5’ end fragments termed Y RNA-derived small RNAs (ysRNAs). Although some ysRNA functions in stress, apoptosis and cancer have been reported, their fundamental biogenesis has not been described. Here we report that 3’ end RNY5 cleavage is structure dependent. In high throughput mutagenesis experiments, cleavage occurred between the 2nd and 3rd nt above a double stranded stem comprising high GC content. We demonstrate that an internal loop above stem S3 is critical for producing 3’ end ysRNAs (31 nt) with mutants resulting in longer or no ysRNAs. We show a UGGGU sequence motif at position 22 of RNY5 is critical for producing 5’ end ysRNAs (22–25 nt). We show that intact RO60 is critical for ysRNA biogenesis. We conclude that ribonuclease L (RNASEL) contributes to Y RNA cleavage in mouse embryonic fibroblasts but is not the only endoribonuclease important in human cells.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
DOI：
10.4137/bic.s20764
发表时间：
2014
期刊：
Biomarkers in cancer
影响因子：
--
作者：
Dhahbi JM;Spindler SR;Atamna H;Boffelli D;Martin DI
通讯作者：
Martin DI
影响因子：
8.8
作者：
Hussain S;Sajini AA;Blanco S;Dietmann S;Lombard P;Sugimoto Y;Paramor M;Gleeson JG;Odom DT;Ule J;Frye M
通讯作者：
Frye M
影响因子：
4.5
作者：
Green, CD;Long, KS;Wolin, SL
通讯作者：
Wolin, SL
影响因子：
4.5
作者：
Gardiner, Timothy J.;Christov, Christo P.;Krude, Torsten
通讯作者：
Krude, Torsten