ESPResSo 3.1: Molecular Dynamics Software for Coarse-Grained Models
ESPResSo 3.1: Molecular Dynamics Software for Coarse-Grained Models
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ESPResSo 3.1：粗粒度模型的分子动力学软件
DOI：
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Christian Holm
中科院分区：
文献类型：
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作者：
A. Arnold;O. Lenz;Stefan Kesselheim;R. Weeber;Florian Fahrenberger;D. Roehm;P. Košovan;Christian Holm
Epresso是一个用于粗粒度模型的分子动力学(MD)模拟的软件包。我们介绍了我们软件的最新版本3.1，重点介绍了在之前的一篇论文(Limbach等人)中提出的对版本1.0的一些最新算法扩展。计算机物理通信174：704-727,2006)。我们包的一个主要优点是实现了多种计算周期和部分周期几何结构中的库仑和偶极相互作用的方法。在这里，我们介绍了一些最近增加的方法，其中包括用于具有介电对比的系统的方法，这种方法经常出现在带有隐式水模型的带电系统的粗粒度模型中，以及基于电动力学方程的替代的、完全局部的静电求解器。我们还描述了使用具有固定相对位置的MD粒子的刚体动力学方法。Epresso现在能够在整合过程中添加键，这使得可以研究例如团聚。对于流体相互作用，在浓缩咖啡中建立了一个热化的格子Boltzmann解算器，它可以与MD粒子耦合。这种计算代价高昂的算法可以通过使用图形处理单元来大大加速。为了分析时间尺度上跨越多个数量级的时间序列，我们实现了一种用户可配置的可观量的分层通用关联算法。
ESPResSo is a package for Molecular Dynamics (MD) simulations of coarse-grained models. We present the most recent version 3.1 of our software, highlighting some recent algorithmic extensions to version 1.0 presented in a previous paper (Limbach et al. Comput Phys Commun 174:704–727, 2006). A major strength of our package is the multitude of implemented methods for calculating Coulomb and dipolar interactions in periodic and partially periodic geometries. Here we present some more recent additions which include methods for systems with dielectric contrasts that frequently occur in coarse-grained models of charged systems with implicit water models, and an alternative, completely local electrostatic solver that is based on the electrodynamic equations. We also describe our approach to rigid body dynamics that uses MD particles with fixed relative positions. ESPResSo now gained the ability to add bonds during the integration, which allows to study e.g. agglomeration. For hydrodynamic interactions, a thermalized lattice Boltzmann solver has been built into ESPResSo, which can be coupled to the MD particles. This computationally expensive algorithm can be greatly accelerated by using Graphics Processing Units. For the analysis of time series spanning many orders of magnitude in time scales, we implemented a hierarchical generic correlation algorithm for user-configurable observables.
将 ICC* 应用于 DNA 易位：介电边界的影响
DOI：
10.1016/j.cpc.2010.08.014
发表时间：
2011
期刊：
Comput. Phys. Commun.
影响因子：
--
作者：
S. Kesselheim;M. Sega;C. Holm
通讯作者：
C. Holm
影响因子：
4.4
作者：
Ramirez, Jorge;Sukumaran, Sathish K.;Likhtman, Alexei E.
通讯作者：
Likhtman, Alexei E.