TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information.
TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkj001
复制
发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Barabote RD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Saier MH Jr;Tran CV;Barabote RD
转运体分类数据库（Transporter Classification Database， TCDB）是一个可通过网络访问的、精心策划的关系数据库，包含了来自各种生物体的转运系统的序列、分类、结构、功能和进化信息。TCDB是一个精心策划的事实信息库，收录了从bb1000 000篇参考文献中汇编而成的事实信息，包括约3000个代表性转运蛋白和假定转运蛋白，分为bb100 400科。转运蛋白分类（transporter classification， TC）系统是国际生物化学和分子生物学联合会认可的转运蛋白分类命名系统。TCDB可在以下网址免费访问。web界面提供了几种不同的访问数据的方法，包括逐步访问分层分类、按序列或TC号直接搜索和全文搜索。作为数据库结构基础的功能本体促进了功能强大的查询搜索，以快速简便的方式生成有价值的数据。TCDB网站还提供了几个专门设计用于分析转运蛋白独特特征的工具。TCDB不仅为新鉴定的膜蛋白提供了分类信息和工具，而且还作为基因组转运体注释工具。
The Transporter Classification Database (TCDB) is a web accessible, curated, relational database containing sequence, classification, structural, functional and evolutionary information about transport systems from a variety of living organisms. TCDB is a curated repository for factual information compiled from >10 000 references, encompassing ∼3000 representative transporters and putative transporters, classified into >400 families. The transporter classification (TC) system is an International Union of Biochemistry and Molecular Biology approved system of nomenclature for transport protein classification. TCDB is freely accessible at . The web interface provides several different methods for accessing the data, including step-by-step access to hierarchical classification, direct search by sequence or TC number and full-text searching. The functional ontology that underlies the database structure facilitates powerful query searches that yield valuable data in a quick and easy way. The TCDB website also offers several tools specifically designed for analyzing the unique characteristics of transport proteins. TCDB not only provides curated information and a tool for classifying newly identified membrane proteins, but also serves as a genome transporter-annotation tool.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.8
作者：
Zmasek, CM;Eddy, SR
通讯作者：
Eddy, SR
影响因子：
14.9
作者：
Wheeler DL;Church DM;Edgar R;Federhen S;Helmberg W;Madden TL;Pontius JU;Schuler GD;Schriml LM;Sequeira E;Suzek TO;Tatusova TA;Wagner L
通讯作者：
Wagner L
影响因子：
56.9
作者：
Chang, G;Roth, CB
通讯作者：
Roth, CB
DOI：
10.1038/nsb997
发表时间：
2003-11-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Kurisu, G;Zakharov, SD;Cramer, WA
通讯作者：
Cramer, WA
影响因子：
5.8
作者：
Tusnády, GE;Simon, I
通讯作者：
Simon, I