RNAssess--a web server for quality assessment of RNA 3D structures.
RNAssess--a web server for quality assessment of RNA 3D structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkv557
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Blazewicz J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lukasiak P;Antczak M;Ratajczak T;Szachniuk M;Popenda M;Adamiak RW;Blazewicz J
目前，可以应用各种方法来模拟RNA3D结构。因此，三维模型的可信质量评估对结构生物信息学的发展有着根本性的影响。在这里，我们介绍了RNassess服务器，这是一个新的工具，致力于在已知参考结构的背景下对RNA3D模型进行可视化评估，以获得广泛的精度水平(从原子到整个分子的角度)。所提出的服务器基于局部邻域的概念，局部邻域被定义为在特定残基的中心原子周围的球体内观察到的一组原子。我们的服务器的一个显著特点是能够同时执行模型-参考结构一致性的可视分析。RNassess通过提供静态和交互可视化来支持质量评估，这些可视化允许轻松识别类似本地的模型和/或所分析分子的选定结构区域。RNassess提供的结果组合允许我们对分析的模型进行排名。RNassess为快速高效的3D模型评估提供了新的途径，适用于RNA-Puzzles挑战。拟议的自动化工具是一个免费的、对所有用户开放的网络服务器，具有用户友好的界面，可通过以下网址访问：http://rnassess.cs.put.poznan.pl/
Nowadays, various methodologies can be applied to model RNA 3D structure. Thus, the plausible quality assessment of 3D models has a fundamental impact on the progress of structural bioinformatics. Here, we present RNAssess server, a novel tool dedicated to visual evaluation of RNA 3D models in the context of the known reference structure for a wide range of accuracy levels (from atomic to the whole molecule perspective). The proposed server is based on the concept of local neighborhood, defined as a set of atoms observed within a sphere localized around a central atom of a particular residue. A distinctive feature of our server is the ability to perform simultaneous visual analysis of the model-reference structure coherence. RNAssess supports the quality assessment through delivering both static and interactive visualizations that allows an easy identification of native-like models and/or chosen structural regions of the analyzed molecule. A combination of results provided by RNAssess allows us to rank analyzed models. RNAssess offers new route to a fast and efficient 3D model evaluation suitable for the RNA-Puzzles challenge. The proposed automated tool is implemented as a free and open to all users web server with an user-friendly interface and can be accessed at: http://rnassess.cs.put.poznan.pl/
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