RNApdbee--a webserver to derive secondary structures from pdb files of knotted and unknotted RNAs.
RNApdbee--a webserver to derive secondary structures from pdb files of knotted and unknotted RNAs.
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DOI：
10.1093/nar/gku330
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发表时间：
2014-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Szachniuk M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Antczak M;Zok T;Popenda M;Lukasiak P;Adamiak RW;Blazewicz J;Szachniuk M
在RNA结构生物学和生物信息学中， 结构及其适当的表示至关重要。这是真 特别是在二级和3D RNA结构预测领域。这里我们 介绍RNApdbee--一种提取RNA二级结构新工具 结构，并以文本和图形形式呈现。 RNApdbee支持大RNA的打结和未打结结构的加工， 也存在于蛋白质复合物中。该方法不仅适用于第一，而且适用于 高阶伪结，并给出了有关规范和 非典型碱基对这些特征的组合是独一无二的， RNA结构分析的现有应用。此外，函数 - 在文本符号（即BPSEQ、CT和扩展点括号）之间转换， 给出了为了便于更全面的研究， 集成了RNAView、MC-Annotate和3DNA/DSSR的功能， 用于RNA自动识别和分类的最常用工具 碱基对RNApdbee是作为一个公共可用的Web服务器实现的， 直观的界面，可以在http://rnapdbee.cs.put.poznan.pl/上免费访问。
In RNA structural biology and bioinformatics an access to correct RNA secondary structure and its proper representation is of crucial importance. This is true especially in the field of secondary and 3D RNA structure prediction. Here, we introduce RNApdbee—a new tool that allows to extract RNA secondary structure from the pdb file, and presents it in both textual and graphical form. RNApdbee supports processing of knotted and unknotted structures of large RNAs, also within protein complexes. The method works not only for first but also for high order pseudoknots, and gives an information about canonical and non-canonical base pairs. A combination of these features is unique among existing applications for RNA structure analysis. Additionally, a function of converting between the text notations, i.e. BPSEQ, CT and extended dot-bracket, is provided. In order to facilitate a more comprehensive study, the webserver integrates the functionality of RNAView, MC-Annotate and 3DNA/DSSR, being the most common tools used for automated identification and classification of RNA base pairs. RNApdbee is implemented as a publicly available webserver with an intuitive interface and can be freely accessed at http://rnapdbee.cs.put.poznan.pl/.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
1.8
作者：
HOFACKER, IL;FONTANA, W;SCHUSTER, P
通讯作者：
SCHUSTER, P
影响因子：
64.8
作者：
Parisien, Marc;Major, Francois
通讯作者：
Major, Francois
影响因子：
14.9
作者：
Yang, HW;Jossinet, F;Westhof, E
通讯作者：
Westhof, E
影响因子：
14.9
作者：
Somarowthu, Srinivas;Legiewicz, Michal;Pyle, Anna Marie
通讯作者：
Pyle, Anna Marie