AtRTPrimer: database for Arabidopsis genome-wide homogeneous and specific RT-PCR primer-pairs.
AtRTPrimer: database for Arabidopsis genome-wide homogeneous and specific RT-PCR primer-pairs.
复制标题
ATRTPRIMER：拟南芥基因组均质和特定RT-PCR引物对的数据库。
DOI：
10.1186/1471-2105-7-179
复制
发表时间：
2006-03-30
影响因子：
3
通讯作者：
Kim, Dongsup
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Han, Sangjo;Kim, Dongsup
引物设计是所有类型的RT-PCR方法中的关键步骤，以确保靶扩增子的特异性和效率。然而，大多数传统的引物设计程序建议在有限遗传复杂性的单个模板上进行引物设计。为了给研究者提供足够数量的针对拟南芥全基因的RT-PCR引物，我们构建了一个全基因组的引物数据库。我们考虑了基因的每个引物的均匀物理和化学性质（均匀性），对所有其他已知基因的非特异性结合（特异性），以及来自其相应基因组DNA或类似cDNA的其他可能的扩增子（额外信息）。然后，我们用常规和真实的时间RT-PCR从15个基因中选择引物对来评估我们的数据库的可靠性。研究的28，952个基因中约有97%最终在AtRTPrimer中注册。与其他免费提供的拟南芥引物数据库不同，AtRTPrimer为每个基因提供了大量可靠的引物对，以便研究人员可以根据其特定需求进行各种类型的RT-PCR实验。此外，通过实验评估我们的数据库，我们确保我们的数据库提供了良好的起始引物对拟南芥研究人员进行各种类型的RT-PCR实验。
Primer design is a critical step in all types of RT-PCR methods to ensure specificity and efficiency of a target amplicon. However, most traditional primer design programs suggest primers on a single template of limited genetic complexity. To provide researchers with a sufficient number of pre-designed specific RT-PCR primer pairs for whole genes in Arabidopsis, we aimed to construct a genome-wide primer-pair database. We considered the homogeneous physical and chemical properties of each primer (homogeneity) of a gene, non-specific binding against all other known genes (specificity), and other possible amplicons from its corresponding genomic DNA or similar cDNAs (additional information). Then, we evaluated the reliability of our database with selected primer pairs from 15 genes using conventional and real time RT-PCR. Approximately 97% of 28,952 genes investigated were finally registered in AtRTPrimer. Unlike other freely available primer databases for Arabidopsis thaliana, AtRTPrimer provides a large number of reliable primer pairs for each gene so that researchers can perform various types of RT-PCR experiments for their specific needs. Furthermore, by experimentally evaluating our database, we made sure that our database provides good starting primer pairs for Arabidopsis researchers to perform various types of RT-PCR experiments.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Matveeva, OV;Mathews, DH;Freier, SM
通讯作者：
Freier, SM
DOI：
10.1073/pnas.95.4.1460
发表时间：
1998-02-17
影响因子：
11.1
作者：
SantaLucia, J
通讯作者：
SantaLucia, J
影响因子：
7.4
作者：
Drenkard, E;Richter, BG;Ausubel, FM
通讯作者：
Ausubel, FM
影响因子：
4.8
作者：
Holland, MJ
通讯作者：
Holland, MJ
影响因子：
14.9
作者：
Wang, XW;Seed, B
通讯作者：
Seed, B