Whole genome resequencing reveals natural target site preferences of transposable elements in Drosophila melanogaster.
Whole genome resequencing reveals natural target site preferences of transposable elements in Drosophila melanogaster.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0030008
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Bergman CM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Linheiro RS;Bergman CM
转座因子是移动的DNA序列，其利用具有不同程度的靶位点特异性的不同机制整合到宿主基因组中。虽然一些工程化转座因子的靶位点偏好被很好地研究，但大多数转座因子的天然靶位点偏好的特征很差。使用来自166株黑腹果蝇的群体基因组重测序数据，我们确定了超过8,000个新的插入位点，这些插入位点不存在于我们用来解码该物种中22个转座因子家族的天然靶偏好的参考基因组序列中。我们发现末端反向重复转座子和长末端重复逆转录转座子家族存在分支特异性靶位点重复和靶位点序列基序。此外，我们发现转座因子靶位点的序列基序总是回文序列，延伸到靶位点重复之外。我们的研究结果表明，人口基因组学数据的实用性，高通量推断转座因子在野生环境中的靶向偏好，并建立在真核基因组中的末端反向重复转座子和长末端重复反转录转座子靶位点选择的一般规则。
Transposable elements are mobile DNA sequences that integrate into host genomes using diverse mechanisms with varying degrees of target site specificity. While the target site preferences of some engineered transposable elements are well studied, the natural target preferences of most transposable elements are poorly characterized. Using population genomic resequencing data from 166 strains of Drosophila melanogaster, we identified over 8,000 new insertion sites not present in the reference genome sequence that we used to decode the natural target preferences of 22 families of transposable element in this species. We found that terminal inverted repeat transposon and long terminal repeat retrotransposon families present clade-specific target site duplications and target site sequence motifs. Additionally, we found that the sequence motifs at transposable element target sites are always palindromes that extend beyond the target site duplication. Our results demonstrate the utility of population genomics data for high-throughput inference of transposable element targeting preferences in the wild and establish general rules for terminal inverted repeat transposon and long terminal repeat retrotransposon target site selection in eukaryotic genomes.
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