m6A-Atlas: a comprehensive knowledgebase for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome.
m6A-Atlas: a comprehensive knowledgebase for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome.
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m6A-Atlas：用于解开 N6-甲基腺苷 (m6A) 表观转录组的综合知识库
DOI：
10.1093/nar/gkaa692
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Meng J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tang Y;Chen K;Song B;Ma J;Wu X;Xu Q;Wei Z;Su J;Liu G;Rong R;Lu Z;de Magalhães JP;Rigden DJ;Meng J
N-6-甲基腺苷（m6 A）是mRNA和lncRNA上最常见的RNA修饰。它在各种生物学过程和疾病发病机制中起着关键作用。我们在这里提出了一个全面的知识库，m6 A-Atlas，用于解开m6 A epitranscriptome。与现有的数据库相比，m6 A-Atlas具有高置信度的442162个可靠的m6 A位点的集合，这些位点是从7种碱基分辨率技术中鉴定的，并且定量（而不是二进制）的epitranscriptome配置文件是从1363个高通量测序样品中估计的。它还提供了一些新的功能，例如：7种脊椎动物中m6 A位点的保守性（包括人、小鼠和黑猩猩），10种病毒的m6 A表位组（包括HIV、KSHV和DENV），从表转录组数据预测的单个m6 A位点的推定生物学功能，以及从可直接破坏m6 A指导序列基序的疾病相关基因突变推断的m6 A位点的潜在发病机制。构建了一个用户友好的图形用户界面，以支持m6 A表位转录组的查询，可视化和共享，这些表位转录组注释有指定其与转录后机制（RBP结合，microRNA相互作用和剪接位点）的相互作用的位点，并交互式地显示多种RNA修饰的景观。这些资源为解开m6 A epitranscriptomes提供了新的机会。m6 A-Atlas可在www.xjtlu.edu.cn/biologicalsciences/atlas上免费获取。
N 6-Methyladenosine (m6A) is the most prevalent RNA modification on mRNAs and lncRNAs. It plays a pivotal role during various biological processes and disease pathogenesis. We present here a comprehensive knowledgebase, m6A-Atlas, for unraveling the m6A epitranscriptome. Compared to existing databases, m6A-Atlas features a high-confidence collection of 442 162 reliable m6A sites identified from seven base-resolution technologies and the quantitative (rather than binary) epitranscriptome profiles estimated from 1363 high-throughput sequencing samples. It also offers novel features, such as; the conservation of m6A sites among seven vertebrate species (including human, mouse and chimp), the m6A epitranscriptomes of 10 virus species (including HIV, KSHV and DENV), the putative biological functions of individual m6A sites predicted from epitranscriptome data, and the potential pathogenesis of m6A sites inferred from disease-associated genetic mutations that can directly destroy m6A directing sequence motifs. A user-friendly graphical user interface was constructed to support the query, visualization and sharing of the m6A epitranscriptomes annotated with sites specifying their interaction with post-transcriptional machinery (RBP-binding, microRNA interaction and splicing sites) and interactively display the landscape of multiple RNA modifications. These resources provide fresh opportunities for unraveling the m6A epitranscriptomes. m6A-Atlas is freely accessible at: www.xjtlu.edu.cn/biologicalsciences/atlas.
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DOI：
10.1002/wrna.1586
发表时间：
2020-07
期刊：
Wiley interdisciplinary reviews. RNA
影响因子：
--
作者：
Jones JD;Monroe J;Koutmou KS
通讯作者：
Koutmou KS
starBase v2.0：从大规模 CLIP-Seq 数据中解码 miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA 和蛋白质-RNA 相互作用网络
影响因子：
14.9
作者：
Li JH;Liu S;Zhou H;Qu LH;Yang JH
通讯作者：
Yang JH
影响因子：
10.5
作者：
Ke S;Alemu EA;Mertens C;Gantman EC;Fak JJ;Mele A;Haripal B;Zucker-Scharff I;Moore MJ;Park CY;Vågbø CB;Kusśnierczyk A;Klungland A;Darnell JE Jr;Darnell RB
通讯作者：
Darnell RB
影响因子：
14.9
作者：
Buniello, Annalisa;MacArthur, Jacqueline A. L.;Parkinson, Helen
通讯作者：
Parkinson, Helen
影响因子：
16.6
作者：
Chen, Kai;Lu, Zhike;Wang, Xiao;Fu, Ye;Luo, Guan-Zheng;Liu, Nian;Han, Dali;Dominissini, Dan;Dai, Qing;Pan, Tao;He, Chuan
通讯作者：
He, Chuan