starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seq data.
starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seq data.
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starBase v2.0：从大规模 CLIP-Seq 数据中解码 miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA 和蛋白质-RNA 相互作用网络
DOI：
10.1093/nar/gkt1248
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yang JH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li JH;Liu S;Zhou H;Qu LH;Yang JH
尽管microRNA（miRNAs）、其他非编码RNA（ncRNA）（例如lncRNA、假基因和circRNA）和竞争性内源性RNA（ceRNA）已经涉及细胞命运决定和各种人类疾病，但令人惊讶的是，对多种类别的RNA之间的调控相互作用网络知之甚少。在本研究中，我们开发了starBase v2.0（http：//starbase.sysu.edu.cn/），从37个独立研究产生的108个CLIP-Seq（PAR-CLIP，HITS-CLIP，iCLIP，CLASH）数据集中系统地鉴定了RNA-RNA和蛋白质-RNA相互作用网络。通过分析数百万个RNA结合蛋白的结合位点，我们确定了约9000个miRNA-circRNA，16000个miRNA-pseudogene和285000个蛋白质-RNA调控关系。此外，starBase v2.0已经更新，以提供迄今为止最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA相互作用网络。我们从CLIP支持的miRNA靶位点中鉴定了10000对ceRNA对。通过结合13个功能基因组注释，我们开发了miRFunction和ceRNAFunction网络服务器，以预测来自miRNA介导的调控网络的miRNA和其他ncRNA的功能。最后，我们开发了交互式Web实现，以提供上述大规模数据集的可视化，分析和下载。这项研究将大大扩展我们对ncRNA功能及其协调调控网络的理解。
Although microRNAs (miRNAs), other non-coding RNAs (ncRNAs) (e.g. lncRNAs, pseudogenes and circRNAs) and competing endogenous RNAs (ceRNAs) have been implicated in cell-fate determination and in various human diseases, surprisingly little is known about the regulatory interaction networks among the multiple classes of RNAs. In this study, we developed starBase v2.0 (http://starbase.sysu.edu.cn/) to systematically identify the RNA–RNA and protein–RNA interaction networks from 108 CLIP-Seq (PAR-CLIP, HITS-CLIP, iCLIP, CLASH) data sets generated by 37 independent studies. By analyzing millions of RNA-binding protein binding sites, we identified ∼9000 miRNA-circRNA, 16 000 miRNA-pseudogene and 285 000 protein–RNA regulatory relationships. Moreover, starBase v2.0 has been updated to provide the most comprehensive CLIP-Seq experimentally supported miRNA-mRNA and miRNA-lncRNA interaction networks to date. We identified ∼10 000 ceRNA pairs from CLIP-supported miRNA target sites. By combining 13 functional genomic annotations, we developed miRFunction and ceRNAFunction web servers to predict the function of miRNAs and other ncRNAs from the miRNA-mediated regulatory networks. Finally, we developed interactive web implementations to provide visualization, analysis and downloading of the aforementioned large-scale data sets. This study will greatly expand our understanding of ncRNA functions and their coordinated regulatory networks.
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