Drug screening strategy for human membrane proteins: from NMR protein backbone structure to in silica- and NMR-screened hits.
Drug screening strategy for human membrane proteins: from NMR protein backbone structure to in silica- and NMR-screened hits.
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DOI：
10.1016/j.bbrc.2014.01.179
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发表时间：
2014-03-21
影响因子：
3.1
通讯作者：
Choe, Senyon
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lindert, Steffen;Maslennikov, Innokentiy;Chiu, Ellis J. C.;Pierce, Levi C.;McCammon, J. Andrew;Choe, Senyon
人类基因组中约有 8,000 个基因编码膜蛋白。有关其成药性的信息对于促进药物发现和开发非常有用。然而，主要问题在于这些蛋白质的结构和功能信息有限，因为它们很难通过生化方法生产和研究。在本文中，我们描述了结合无细胞蛋白质表达、核磁共振波谱和分子动力学模拟 (CNDY) 技术的策略。 CNDY 试点实验的结果为我们提供了指导，以加快识别针对新的未表征膜蛋白的命中化合物作为潜在的可成药靶点。然后可以进一步表征和优化这些命中结果，以更快地开发初始先导化合物。我们通过应用于两个示例蛋白质的 CNDY 策略来说明这种药物发现的“组学”方法：缺氧诱导的基因 HIGD1A 和 HIGD1B。
About 8,000 genes encode membrane proteins in the human genome. The information about their druggability will be very useful to facilitate drug discovery and development. The main problem, however, consists of limited structural and functional information about these proteins because they are difficult to produce biochemically and to study. In this paper we describe the strategy that combines Cell-free protein expression, NMR spectroscopy, and molecular DYnamics simulation (CNDY) techniques. Results of a pilot CNDY experiment provide us with a guiding light towards expedited identification of the hit compounds against a new uncharacterized membrane protein as a potentially druggable target. These hits can then be further characterized and optimized to develop the initial lead compound quicker. We illustrate such “omics” approach for drug discovery with the CNDY strategy applied to two example proteins: hypoxia-induced genes HIGD1A and HIGD1B.
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DOI：
10.1038/nrd2606
发表时间：
2008-09
期刊：
Nature reviews. Drug discovery
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.7
作者：
Jo S;Kim T;Im W
通讯作者：
Im W
影响因子：
5.4
作者：
Durrant JD;McCammon JA
通讯作者：
McCammon JA
影响因子：
3
作者：
Pettersen, EF;Goddard, TD;Ferrin, TE
通讯作者：
Ferrin, TE
影响因子：
7.3
作者：
Halgren, TA;Murphy, RB;Banks, JL
通讯作者：
Banks, JL