Cancer cell profiling by barcoding allows multiplexed protein analysis in fine-needle aspirates.
Cancer cell profiling by barcoding allows multiplexed protein analysis in fine-needle aspirates.
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DOI：
10.1126/scitranslmed.3007361
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发表时间：
2014-01-15
影响因子：
17.1
通讯作者：
Weissleder R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ullal AV;Peterson V;Agasti SS;Tuang S;Juric D;Castro CM;Weissleder R
基于免疫组织化学的临床诊断需要侵入性核心活检，并使用有限数量的蛋白质染色来识别和分类癌症。在这里，我们介绍了一种技术，允许分析数百种蛋白质的微创细针穿刺（FNA），其中包含的细胞数量比核心活检少得多。该方法利用DNA-条形码化抗体感测，其中条形码可以被光切割和数字检测，而无需任何扩增步骤。在细胞系中进行广泛的基准测试后，该方法显示出高重现性并实现了单细胞灵敏度。我们使用这种方法分析了来自FNA的细胞中的约90种蛋白质，随后在蛋白质水平上绘制了患者异质性。此外，我们还展示了如何将该方法用作临床工具，以确定分子靶向药物的途径反应，并预测患者样本中的药物反应。该技术结合了特异性和易用性，为理解人类癌症和设计未来的临床试验提供了新的工具。
Immunohistochemistry-based clinical diagnoses require invasive core biopsies and use a limited number of protein stains to identify and classify cancers. Here, we introduce a technology that allows analysis of hundreds of proteins from minimally invasive fine needle aspirates (FNA), which contain much smaller numbers of cells than core biopsies. The method capitalizes on DNA-barcoded antibody sensing where barcodes can be photo-cleaved and digitally detected without any amplification steps. Following extensive benchmarking in cell lines, this method showed high reproducibility and achieved single cell sensitivity. We used this approach to profile ~90 proteins in cells from FNAs and subsequently map patient heterogeneity at the protein level. Additionally, we demonstrate how the method could be used as a clinical tool to identify pathway responses to molecularly targeted drugs and to predict drug response in patient samples. This technique combines specificity with ease of use to offer a new tool for understanding human cancers and designing future clinical trials.
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影响因子：
16.6
作者：
Devaraj, Neal K.;Upadhyay, Rabi;Hatin, Jered B.;Hilderbrand, Scott A.;Weissleder, Ralph
通讯作者：
Weissleder, Ralph
影响因子：
17.1
作者：
Elkabets M;Vora S;Juric D;Morse N;Mino-Kenudson M;Muranen T;Tao J;Campos AB;Rodon J;Ibrahim YH;Serra V;Rodrik-Outmezguine V;Hazra S;Singh S;Kim P;Quadt C;Liu M;Huang A;Rosen N;Engelman JA;Scaltriti M;Baselga J
通讯作者：
Baselga J
可光透明的DNA条形码 - 抗体结合物可以在单个细胞中敏感和多重蛋白质分析。
影响因子：
15
作者：
Agasti, Sarit S.;Liong, Monty;Peterson, Vanessa M.;Lee, Hakho;Weissleder, Ralph
通讯作者：
Weissleder, Ralph
DOI：
10.1126/science.1198704
发表时间：
2011-05-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Bendall SC;Simonds EF;Qiu P;Amir el-AD;Krutzik PO;Finck R;Bruggner RV;Melamed R;Trejo A;Ornatsky OI;Balderas RS;Plevritis SK;Sachs K;Pe'er D;Tanner SD;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
DOI：
10.1126/science.1235122
发表时间：
2013-03-29
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Vogelstein B;Papadopoulos N;Velculescu VE;Zhou S;Diaz LA Jr;Kinzler KW
通讯作者：
Kinzler KW