The essential genome of a bacterium.
The essential genome of a bacterium.
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DOI：
10.1038/msb.2011.58
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发表时间：
2011-08-30
影响因子：
9.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
新月形茎杆菌是一种模式生物的集成电路运行的细菌细胞周期。充分发现其基本基因组，包括非编码元件、调控元件和编码元件，是了解细菌细胞完整调控网络的先决条件。通过超饱和转座子诱变和高通量测序，我们以8 bp的分辨率确定了Caulobacter的基本基因组，包括1012个基本基因组特征：480个orf， 402个调控序列和130个非编码元件，包括90个功能未知的基因间片段。富培养基上生长的基本转录回路包括10个转录因子，2个RNA聚合酶sigma因子和1个抗sigma因子。我们确定了细胞周期调控基因的所有必需启动子元件。基本元件优先位于染色体的起源和末端附近。这里使用的高分辨率策略适用于高通量、全基因组必要性研究和广泛种类细菌的大规模遗传扰动实验。
Caulobacter crescentus is a model organism for the integrated circuitry that runs a bacterial cell cycle. Full discovery of its essential genome, including non-coding, regulatory and coding elements, is a prerequisite for understanding the complete regulatory network of a bacterial cell. Using hyper-saturated transposon mutagenesis coupled with high-throughput sequencing, we determined the essential Caulobacter genome at 8 bp resolution, including 1012 essential genome features: 480 ORFs, 402 regulatory sequences and 130 non-coding elements, including 90 intergenic segments of unknown function. The essential transcriptional circuitry for growth on rich media includes 10 transcription factors, 2 RNA polymerase sigma factors and 1 anti-sigma factor. We identified all essential promoter elements for the cell cycle-regulated genes. The essential elements are preferentially positioned near the origin and terminus of the chromosome. The high-resolution strategy used here is applicable to high-throughput, full genome essentiality studies and large-scale genetic perturbation experiments in a broad class of bacterial species.
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