The time-resolved transcriptome of C. elegans.
The time-resolved transcriptome of C. elegans.
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DOI：
10.1101/gr.202663.115
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发表时间：
2016-10
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Waterston RH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Boeck ME;Huynh C;Gevirtzman L;Thompson OA;Wang G;Kasper DM;Reinke V;Hillier LW;Waterston RH
我们在胚胎中生成了具有高时间分辨率的线虫的详细RNA-SEQ数据，以及整个生命周期中胚胎后阶段的代表性样本。这些数据表明，胚胎发育的早期和晚期伴随着大量基因表达的变化，而在胚胎发育中期变化的基因较少。基因表达变化的这种间歇期与组蛋白mRNAs产生近40%的RNA序列读数的时期有关。我们发现了比WormBase中注释的更多的剪接连接的证据，其中许多建议了不同的剪接形式，通常在生命周期中有不同的用法。我们使用SL1和SL2数据注释了操纵子中内部启动子的使用。我们还发现了跨度为80kb的相关转录程序。这些数据提供了线虫转录组的详细注释。
We generated detailed RNA-seq data for the nematode Caenorhabditis elegans with high temporal resolution in the embryo as well as representative samples from post-embryonic stages across the life cycle. The data reveal that early and late embryogenesis is accompanied by large numbers of genes changing expression, whereas fewer genes are changing in mid-embryogenesis. This lull in genes changing expression correlates with a period during which histone mRNAs produce almost 40% of the RNA-seq reads. We find evidence for many more splice junctions than are annotated in WormBase, with many of these suggesting alternative splice forms, often with differential usage over the life cycle. We annotated internal promoter usage in operons using SL1 and SL2 data. We also uncovered correlated transcriptional programs that span >80 kb. These data provide detailed annotation of the C. elegans transcriptome.
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DOI：
10.1895/wormbook.1.5.2
发表时间：
2012-11-20
期刊：
WormBook : the online review of C. elegans biology
影响因子：
--
作者：
Blumenthal, Thomas
通讯作者：
Blumenthal, Thomas
影响因子：
7
作者：
Liu, Tao;Rechtsteiner, Andreas;Liu, X. Shirley
通讯作者：
Liu, X. Shirley
影响因子：
5.6
作者：
ROBERTS, SB;SANICOLA, M;CHILDS, G
通讯作者：
CHILDS, G
影响因子：
4.5
作者：
Ooi SL;Priess JR;Henikoff S
通讯作者：
Henikoff S
影响因子：
64.8
作者：
Hashimshony, Tamar;Feder, Martin;Levin, Michal;Hall, Brian K.;Yanai, Itai
通讯作者：
Yanai, Itai