Nucleic acid polymerases use a general acid for nucleotidyl transfer.
Nucleic acid polymerases use a general acid for nucleotidyl transfer.
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DOI：
10.1038/nsmb.1540
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发表时间：
2009-02
影响因子：
16.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
核酸聚合酶催化从核苷三磷酸前体形成DNA或RNA。聚合酶活性位点中的氨基酸残基被认为仅通过充当活性或底物结合所需的两个二价阳离子的配体而间接地贡献于催化。聚合酶催化的核苷酸转移需要两个质子转移反应：3′-羟基亲核试剂的去质子化和焦磷酸离去基团的质子化。使用代表所有四类核酸聚合酶的模型酶，我们表明，焦磷酸的质子供体是一个活性位点的氨基酸残基。通过聚合酶的一般酸催化的使用将核苷酸基转移的机制扩展到了已确立的两金属离子机制之外。调节聚合酶催化的活性位点残基的存在可以允许操纵病毒聚合酶复制速度和/或保真度以用于病毒减毒和疫苗开发。
Nucleic acid polymerases catalyze the formation of DNA or RNA from nucleoside-triphosphate precursors. Amino acid residues in the active site of polymerases are thought to contribute only indirectly to catalysis by serving as ligands for the two divalent cations required for activity or substrate binding. Two proton transfer reactions are necessary for polymerase-catalyzed nucleotidyl transfer: deprotonation of the 3′-hydroxyl nucleophile and protonation of the pyrophosphate leaving group. Using model enzymes representing all four classes of nucleic acid polymerases, we show that the proton donor to pyrophosphate is an active site amino acid residue. The use of general acid catalysis by polymerases extends the mechanism of nucleotidyl transfer beyond that of the well-established two-metal-ion mechanism. The existence of an active-site residue that regulates polymerase catalysis may permit manipulation of viral polymerase replication speed and/or fidelity for virus attenuation and vaccine development.
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影响因子：
64.5
作者：
Franklin, MC;Wang, JM;Steitz, TA
通讯作者：
Steitz, TA
影响因子：
2.9
作者：
Arnold, JJ;Cameron, CE
通讯作者：
Cameron, CE
DOI：
10.1073/pnas.0608952104
发表时间：
2007-03-13
影响因子：
11.1
作者：
Castro, Christian;Smidansky, Eric;Cameron, Craig E.
通讯作者：
Cameron, Craig E.
影响因子：
4.8
作者：
Anand, Vasanti Subramanian;Patel, Smita S.
通讯作者：
Patel, Smita S.
影响因子：
56.9
作者：
ERIE, DA;HAJISEYEDJAVADI, O;VONHIPPEL, PH
通讯作者：
VONHIPPEL, PH