The Ligand Binding Landscape of Diacylglycerol Kinases.
The Ligand Binding Landscape of Diacylglycerol Kinases.
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DOI：
10.1016/j.chembiol.2017.06.007
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发表时间：
2017-07-20
影响因子：
8.6
通讯作者：
Hsu KL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Franks CE;Campbell ST;Purow BW;Harris TE;Hsu KL
二酰基甘油激酶（DGKs）是信号转导级联的组成部分，通过atp依赖性的脂质信使二酰基甘油磷酸化调节细胞生物学。缺乏直接评估天然生物系统中DGK活性的方法，需要研究这些多结构域脂质激酶的同型特异性功能。在这里，我们利用基于ATP酰基磷酸活性的探针和定量质谱法首次定义了所有五种DGK亚型的代表性成员的ATP和小分子结合基序。我们使用化学蛋白质组学发现dgk - α (DGKα)抑制剂利坦色林的一种不寻常的结合模式，包括与ATP结合区不同的非典型C1结构域的相互作用。出乎意料的是，利坦色林的解构产生了一个片段化合物，通过保守的结合模式阻断DGKα活性，增强了对kinome的选择性。总的来说，我们的研究说明了化学蛋白质组学在描述基于片段的先导发现的脂质激酶的蛋白质-小分子相互作用方面的力量。Franks等人报道了二酰基甘油激酶（DGKs）配体结合位点的第一个化学蛋白质组学图谱，揭示了区分脂质激酶和蛋白激酶的关键分子特征，指导基于片段的DGK异构体选择性抑制剂的发现。
Diacylglycerol kinases (DGKs) are integral components of signal transduction cascades that regulate cell biology through ATP-dependent phosphorylation of the lipid messenger diacylglycerol. Methods for direct evaluation of DGK activity in native biological systems are lacking and needed to study isoform-specific functions of these multidomain lipid kinases. Here, we utilize ATP acyl phosphate activity-based probes and quantitative mass spectrometry to define, for the first time, ATP- and small molecule-binding motifs of representative members from all five DGK subtypes. We use chemical proteomics to discover an unusual binding mode for the DGK-alpha (DGKα) inhibitor ritanserin, including interactions at the atypical C1 domain distinct from the ATP binding region. Unexpectedly, deconstruction of ritanserin yielded a fragment compound that blocks DGKα activity through a conserved binding mode and enhanced selectivity against the kinome. Collectively, our studies illustrate the power of chemical proteomics to profile protein-small molecule interactions of lipid kinases for fragment-based lead discovery. Franks et al. report the first chemical proteomic map of ligand binding sites of diacylglycerol kinases (DGKs) that reveals key molecular features that distinguish lipid and protein kinases to guide fragment-based discovery of DGK isoform-selective inhibitors.
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影响因子：
14.9
作者：
Goujon M;McWilliam H;Li W;Valentin F;Squizzato S;Paern J;Lopez R
通讯作者：
Lopez R
影响因子：
56.9
作者：
Fang, YM;Vilella-Bach, M;Chen, J
通讯作者：
Chen, J
DOI：
10.1073/pnas.0604104103
发表时间：
2006-10-17
影响因子：
11.1
作者：
Crotty, Tracy;Cai, Jinjin;Topham, Matthew K.
通讯作者：
Topham, Matthew K.
DOI：
10.1038/nrd.2016.252
发表时间：
2017-05
期刊：
Nature reviews. Drug discovery
影响因子：
--
作者：
Brown HA;Thomas PG;Lindsley CW
通讯作者：
Lindsley CW
影响因子：
4.8
作者：
Hemmer, W;McGlone, M;Taylor, SS
通讯作者：
Taylor, SS