A new bioinformatics analysis tools framework at EMBL-EBI.
A new bioinformatics analysis tools framework at EMBL-EBI.
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DOI：
10.1093/nar/gkq313
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发表时间：
2010-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lopez R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goujon M;McWilliam H;Li W;Valentin F;Squizzato S;Paern J;Lopez R
EMBL-EBI提供对各种主流序列分析应用程序的访问。这些包括序列相似性搜索服务，如BLAST，FASTA，InterProScan和多序列比对工具，如ClustalW，T-Coffee和MUSCLE。通过序列相似性检索服务，用户可以检索EMBL-Bank和UniProt等主流序列数据库，以及2000多个已完成的基因组和蛋白质组。我们在这里提出了一个针对新手和专家用户的新框架，它揭示了通过一个统一且一致的界面获取注释和可视化序列分析结果的新方法。这些服务可通过Web和Web服务接口提供给需要系统访问或希望使用通用编程语言与自定义管道和工作流程进行交互的用户。该框架具有新颖的结果可视化和集成的结构域和功能预测的蛋白质数据库搜索。其可在http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss上用于序列相似性搜索，并在http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa上用于多序列比对。
The EMBL-EBI provides access to various mainstream sequence analysis applications. These include sequence similarity search services such as BLAST, FASTA, InterProScan and multiple sequence alignment tools such as ClustalW, T-Coffee and MUSCLE. Through the sequence similarity search services, the users can search mainstream sequence databases such as EMBL-Bank and UniProt, and more than 2000 completed genomes and proteomes. We present here a new framework aimed at both novice as well as expert users that exposes novel methods of obtaining annotations and visualizing sequence analysis results through one uniform and consistent interface. These services are available over the web and via Web Services interfaces for users who require systematic access or want to interface with customized pipe-lines and workflows using common programming languages. The framework features novel result visualizations and integration of domain and functional predictions for protein database searches. It is available at http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss for sequence similarity searches and at http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa for multiple sequence alignments.
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2009年欧洲生物信息学研究所的Web服务。
影响因子：
14.9
作者：
McWilliam H;Valentin F;Goujon M;Li W;Narayanasamy M;Martin J;Miyar T;Lopez R
通讯作者：
Lopez R
影响因子：
14.9
作者：
Hull D;Wolstencroft K;Stevens R;Goble C;Pocock MR;Li P;Oinn T
通讯作者：
Oinn T
影响因子：
3
作者：
Lassmann T;Sonnhammer EL
通讯作者：
Sonnhammer EL
影响因子：
5.8
作者：
Larkin, M. A.;Blackshields, G.;Higgins, D. G.
通讯作者：
Higgins, D. G.
DOI：
10.1073/pnas.85.8.2444
发表时间：
1988-04-01
影响因子：
11.1
作者：
PEARSON, WR;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ