Atomistic modeling of protein-DNA interaction specificity: progress and applications.
Atomistic modeling of protein-DNA interaction specificity: progress and applications.
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DOI：
10.1016/j.sbi.2012.06.002
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发表时间：
2012-08
影响因子：
6.8
通讯作者：
Bradley P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu LA;Bradley P
蛋白质-DNA结合特异性的准确、预测性理解对于成功设计和工程化新型蛋白质-DNA结合复合物至关重要。在这篇综述中，我们总结了最近的研究，使用原子表示的接口来预测蛋白质-DNA结合特异性计算。尽管具有有限结构灵活性的方法已被证明在从野生型复杂结构重现共有结合序列方面是成功的，但构象灵活性对于设计和基于模板的建模可能是重要的，其中需要对非天然构象进行采样和准确评分。一个成功的应用，这样的计算建模技术在建设的TAL-DNA复合物结构进行了讨论。随着能量函数、溶剂化模型和构象采样的不断改进，我们乐观地认为，可靠和大规模的蛋白质-DNA结合预测和工程是一个触手可及的目标。
An accurate, predictive understanding of protein-DNA binding specificity is crucial for the successful design and engineering of novel protein-DNA binding complexes. In this review, we summarize recent studies that use atomistic representations of interfaces to predict protein-DNA binding specificity computationally. Although methods with limited structural flexibility have proven successful at recapitulating consensus binding sequences from wild-type complex structures, conformational flexibility is likely important for design and template-based modeling, where non-native conformations need to be sampled and accurately scored. A successful application of such computational modeling techniques in the construction of the TAL-DNA complex structure is discussed. With continued improvements in energy functions, solvation models, and conformational sampling, we are optimistic that reliable and large-scale protein-DNA binding prediction and engineering is a goal within reach.
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Guerois, R;Nielsen, JE;Serrano, L
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Serrano, L
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Kel, Alexander
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作者：
Boch, Jens;Scholze, Heidi;Bonas, Ulla
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通过全原子模型预测转录因子特异性。
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Kardar, Mehran
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作者：
Espinosa Angarica, Vladimir;Gonzalez Perez, Abel;Contreras-Moreira, Bruno
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Contreras-Moreira, Bruno