Primary effusion lymphoma enhancer connectome links super-enhancers to dependency factors.
Primary effusion lymphoma enhancer connectome links super-enhancers to dependency factors.
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原发性渗出性淋巴瘤增强子连接体将超级增强子与依赖因子联系起来。
DOI：
10.1038/s41467-020-20136-w
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发表时间：
2020-12-09
影响因子：
16.6
通讯作者：
Zhao B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang C;Zhang L;Ke L;Ding W;Jiang S;Li D;Narita Y;Hou I;Liang J;Li S;Xiao H;Gottwein E;Kaye KM;Teng M;Zhao B
原发性渗出性淋巴瘤（PEL）的预后非常差。为了评估增强子/启动子相互作用对 PEL 细胞生长和存活的贡献，我们在 PEL 细胞中生成了 H3K27ac HiChIP 数据集。这使我们能够生成 PEL 增强子连接组，它将 PEL 全基因组中的增强子和启动子连接起来。我们在每个 PEL 细胞系中鉴定出 8000 多个基因组相互作用。通过将 HiChIP 数据与 H3K27ac ChIP-seq 数据相结合，我们确定了增强子/增强子、增强子/启动子和启动子/启动子之间的相互作用。 HiChIP 进一步将 PEL 超级增强剂与 PEL 依赖性因子 MYC、IRF4、MCL1、CCND2、MDM2 和 CFLAR 联系起来。 CRISPR 敲除 MEF2C 和 IRF4 显着降低 MYC 和 IRF4 超级增强子 H3K27ac 信号。敲除还会降低 MYC 和 IRF4 的表达。 CRISPRi 通过将转录抑制子与增强子连接来干扰这些超级增强子，显着降低靶基因表达并减少 PEL 细胞生长。这些数据提供了对 PEL 分子发病机制的见解。原发性渗出性淋巴瘤（PEL）的预后非常差。在这里，作者在 PEL 细胞中进行 H3K27ac HiChIP 并生成 PEL 增强子连接组，将 PEL 中的增强子和启动子以及超级增强子与依赖性因子连接起来。
Primary effusion lymphoma (PEL) has a very poor prognosis. To evaluate the contributions of enhancers/promoters interactions to PEL cell growth and survival, here we produce H3K27ac HiChIP datasets in PEL cells. This allows us to generate the PEL enhancer connectome, which links enhancers and promoters in PEL genome-wide. We identify more than 8000 genomic interactions in each PEL cell line. By incorporating HiChIP data with H3K27ac ChIP-seq data, we identify interactions between enhancers/enhancers, enhancers/promoters, and promoters/promoters. HiChIP further links PEL super-enhancers to PEL dependency factors MYC, IRF4, MCL1, CCND2, MDM2, and CFLAR. CRISPR knock out of MEF2C and IRF4 significantly reduces MYC and IRF4 super-enhancer H3K27ac signal. Knock out also reduces MYC and IRF4 expression. CRISPRi perturbation of these super-enhancers by tethering transcription repressors to enhancers significantly reduces target gene expression and reduces PEL cell growth. These data provide insights into PEL molecular pathogenesis. Primary effusion lymphoma (PEL) has a very poor prognosis. Here, the authors perform H3K27ac HiChIP in PEL cells and generate the PEL enhancer connectome, linking enhancers and promoters in PEL, as well as super-enhancers to dependency factors.
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影响因子：
64.8
作者：
Ernst, Jason;Kheradpour, Pouya;Mikkelsen, Tarjei S.;Shoresh, Noam;Ward, Lucas D.;Epstein, Charles B.;Zhang, Xiaolan;Wang, Li;Issner, Robbyn;Coyne, Michael;Ku, Manching;Durham, Timothy;Kellis, Manolis;Bernstein, Bradley E.
通讯作者：
Bernstein, Bradley E.
影响因子：
6.7
作者：
Günther T;Schreiner S;Dobner T;Tessmer U;Grundhoff A
通讯作者：
Grundhoff A
DOI：
10.1084/jem.20031467
发表时间：
2004-04-05
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Guasparri I;Keller SA;Cesarman E
通讯作者：
Cesarman E
影响因子：
4.8
作者：
An, FQ;Compitello, N;Renne, R
通讯作者：
Renne, R
影响因子：
45.3
作者：
Boulanger, E;Gérard, L;Oksenhendler, E
通讯作者：
Oksenhendler, E