Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing.
Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing.
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DOI：
10.1038/nmeth.4154
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发表时间：
2017-03
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Adey A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vitak SA;Torkenczy KA;Rosenkrantz JL;Fields AJ;Christiansen L;Wong MH;Carbone L;Steemers FJ;Adey A
事实证明，单细胞基因组测序对于检测体细胞变异很有价值，尤其是在肿瘤进化的背景下。当前的技术遭受了较高的图书馆建设成本，这些成本限制了可以评估的细胞数量，从而限制了组织内部异质性的能力。在这里，我们提出单细胞组合索引测序（SCI-SEQ），作为同时生成数千个低通单元库以用于体拷贝数变体检测的一种手段。我们从培养的细胞系，灵长类动物额叶皮层组织和两个人类腺癌的组合组合为16,698个单细胞构建了文库，其中包括对胰腺肿瘤内亚克隆变异的详细评估。
Single-cell genome sequencing has proven valuable for the detection of somatic variation, particularly in the context of tumor evolution. Current technologies suffer from high library construction costs which restrict the number of cells that can be assessed and thus impose limitations on the ability to measure heterogeneity within a tissue. Here, we present Single cell Combinatorial Indexed Sequencing (SCI-seq) as a means of simultaneously generating thousands of low-pass single cell libraries for somatic copy number variant detection. We constructed libraries for 16,698 single cells from a combination of cultured cell lines, primate frontal cortex tissue, and two human adenocarcinomas, including a detailed assessment of subclonal variation within a pancreatic tumor.
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核苷酸分辨率上杂合性丧失和单相表达的全基因组丧失的综合分析揭示了三阴性乳腺癌的途径中断。
影响因子：
7
作者：
Ha G;Roth A;Lai D;Bashashati A;Ding J;Goya R;Giuliany R;Rosner J;Oloumi A;Shumansky K;Chin SF;Turashvili G;Hirst M;Caldas C;Marra MA;Aparicio S;Shah SP
通讯作者：
Shah SP
影响因子：
64.8
作者：
Navin N;Kendall J;Troge J;Andrews P;Rodgers L;McIndoo J;Cook K;Stepansky A;Levy D;Esposito D;Muthuswamy L;Krasnitz A;McCombie WR;Hicks J;Wigler M
通讯作者：
Wigler M
DOI：
10.1073/pnas.95.18.10716
发表时间：
1998-09-01
影响因子：
11.1
作者：
Goryshin, IY;Miller, JA;Reznikoff, WS
通讯作者：
Reznikoff, WS
影响因子：
48
作者：
Garvin T;Aboukhalil R;Kendall J;Baslan T;Atwal GS;Hicks J;Wigler M;Schatz MC
通讯作者：
Schatz MC
影响因子：
30.8
作者：
Gao, Ruli;Davis, Alexander;McDonald, Thomas O.;Sei, Emi;Shi, Xiuqing;Wang, Yong;Tsai, Pei-Ching;Casasent, Anna;Waters, Jill;Zhang, Hong;Meric-Bernstam, Funda;Michor, Franziska;Navin, Nicholas E.
通讯作者：
Navin, Nicholas E.