The SARS-CoV-2 RNA-protein interactome in infected human cells.
The SARS-CoV-2 RNA-protein interactome in infected human cells.
复制标题
受感染人细胞中SARS-CoV-2 rna -蛋白相互作用组
DOI：
10.1038/s41564-020-00846-z
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发表时间：
2021-03
影响因子：
28.3
通讯作者：
Munschauer M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schmidt N;Lareau CA;Keshishian H;Ganskih S;Schneider C;Hennig T;Melanson R;Werner S;Wei Y;Zimmer M;Ade J;Kirschner L;Zielinski S;Dölken L;Lander ES;Caliskan N;Fischer U;Vogel J;Carr SA;Bodem J;Munschauer M
描述SARS-CoV-2病毒RNA在感染过程中与宿主细胞蛋白质的相互作用可以提高我们对病毒RNA功能和宿主先天免疫反应的理解。使用RNA反义纯化和质谱分析，我们鉴定了多达104种直接特异性结合受感染的人类细胞中SARS-CoV-2 RNA的人类蛋白质。我们整合了SARS-CoV-2 RNA相互作用组与病毒感染诱导的蛋白质组丰度变化，并将相互作用组蛋白与SARS-CoV-2感染相关的细胞途径联系起来。我们通过遗传扰动证明了细胞核酸结合蛋白（CNBP）和La相关蛋白1（LARP 1），这两种最强烈富集的病毒RNA结合剂，限制了SARS-CoV-2在感染细胞中的复制，并提供了它们直接RNA接触位点的全球地图。其他三种RNA相互作用组成员PPIA、ATP 1A 1和ARP 2/3复合物的药理学抑制减少了两种人类细胞系中的病毒复制。在这项工作中提出的宿主依赖性因子和防御策略的鉴定将改善针对SARS-CoV-2的靶向治疗的设计。SARS-CoV-2病毒RNA和宿主细胞蛋白在感染过程中的相互作用进行了评估，以提高我们对病毒RNA功能和宿主先天免疫反应的理解。
Characterizing the interactions that SARS-CoV-2 viral RNAs make with host cell proteins during infection can improve our understanding of viral RNA functions and the host innate immune response. Using RNA antisense purification and mass spectrometry, we identified up to 104 human proteins that directly and specifically bind to SARS-CoV-2 RNAs in infected human cells. We integrated the SARS-CoV-2 RNA interactome with changes in proteome abundance induced by viral infection and linked interactome proteins to cellular pathways relevant to SARS-CoV-2 infections. We demonstrated by genetic perturbation that cellular nucleic acid-binding protein (CNBP) and La-related protein 1 (LARP1), two of the most strongly enriched viral RNA binders, restrict SARS-CoV-2 replication in infected cells and provide a global map of their direct RNA contact sites. Pharmacological inhibition of three other RNA interactome members, PPIA, ATP1A1, and the ARP2/3 complex, reduced viral replication in two human cell lines. The identification of host dependency factors and defence strategies as presented in this work will improve the design of targeted therapeutics against SARS-CoV-2. Interactions between SARS-CoV-2 viral RNAs and host cell proteins during infection are evaluated to improve our understanding of viral RNA functions and the host innate immune response.
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影响因子：
8.8
作者：
Benhalevy D;Gupta SK;Danan CH;Ghosal S;Sun HW;Kazemier HG;Paeschke K;Hafner M;Juranek SA
通讯作者：
Juranek SA
影响因子：
16.6
作者：
Beckmann BM;Horos R;Fischer B;Castello A;Eichelbaum K;Alleaume AM;Schwarzl T;Curk T;Foehr S;Huber W;Krijgsveld J;Hentze MW
通讯作者：
Hentze MW
影响因子：
5.3
作者：
Arif, Abul;Chatterjee, Piyali;Fox, Paul L.
通讯作者：
Fox, Paul L.
影响因子：
5.4
作者：
Burkard, Christine;Verheije, Monique H.;de Haan, Cornelis A. M.
通讯作者：
de Haan, Cornelis A. M.
影响因子：
64.5
作者：
Bouhaddou, Mehdi;Memon, Danish;Krogan, Nevan J.
通讯作者：
Krogan, Nevan J.