Forty-nine SNP markers developed from the genome dataset of Pacific abalone (Haliotis discus hannai) and their application in population genetic analysis
Forty-nine SNP markers developed from the genome dataset of Pacific abalone (Haliotis discus hannai) and their application in population genetic analysis
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太平洋鲍鱼基因组数据集开发的49个SNP标记及其在群体遗传分析中的应用
DOI：
10.1007/s12686-015-0482-y
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发表时间：
2015-08
影响因子：
1.1
通讯作者：
Zhenmin Bao
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liang Zhao;Yangfan Wang;Xiaoli Hu;Zhenmin Bao
皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai）的EST序列是该物种的主要序列资源，但目前该物种的SNP标记还很有限。本文报道了从太平洋鲍基因组数据库中开发的49个新的SNP标记，并成功应用于中国青岛、大连和荣成3个太平洋鲍群体的遗传多样性分析。QD、DL和RC群体的平均观察/期望杂合度（Ho/He）分别为0.356/0.345、0.347/0.338和0.318/0.309。经Bonferroni校正后，QD群体中只有1个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。总体而言，RC群体的遗传多样性较低，与QD和DL群体的遗传分化明显。这是迄今为止在太平洋鲍中开发的最大的SNP标记，为该物种的群体遗传学、选择育种和保护研究提供了有用的信息。
The SNP markers for Pacific abalone (Haliotis discus hannai) are currently limited as the ESTs which are the main sequence resource for this species are limited. Here we report 49 novel SNP markers developed from the genome dataset of Pacific abalone, and successfully applied these SNPs in the genetic diversity analysis of three Pacific abalone populations from Qingdao (QD), Dalian (DL) and Rongcheng (RC) in China. The average observed/expected heterozygosities (Ho/He) of QD, DL and RC population were 0.356/0.345, 0.347/0.338 and 0.318/0.309, respectively. Only one locus in QD population showed significant departure from Hardy–Weinberg equilibrium after Bonferroni correction. Overall, RC population had a lower genetic diversity and a significant genetic differentiation from QD and DL population. This is the largest set of SNP markers developed in Pacific abalone by far, and would be useful in further population genetics, selection breeding and conservation studies for this species.
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影响因子：
7.7
作者：
Haigang Qi;Xiao Liu;Guo-fan Zhang
通讯作者：
Haigang Qi;Xiao Liu;Guo-fan Zhang
DOI：
--
发表时间：
2000
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
F. Yeh;Rong‐Cai Yang;T. Boyle;Z. Ye;Jm Xiyan;R. Yang;Tj Boyle
通讯作者：
F. Yeh;Rong‐Cai Yang;T. Boyle;Z. Ye;Jm Xiyan;R. Yang;Tj Boyle
影响因子：
2
作者：
Haigang Qi;Xiao Liu;Guofan Zhang;Fucun Wu
通讯作者：
Haigang Qi;Xiao Liu;Guofan Zhang;Fucun Wu
DOI：
--
发表时间：
2004
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
F. Collyn;L. Guy;M. Marceau;M. Simonet;Claude-Alain H. Roten
通讯作者：
F. Collyn;L. Guy;M. Marceau;M. Simonet;Claude-Alain H. Roten
DOI：
--
发表时间：
2006
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
Tanja Gernhard;Daniel J. Ford;Rutger Vos;M. Steel
通讯作者：
Tanja Gernhard;Daniel J. Ford;Rutger Vos;M. Steel