Domain orientation in the N-Terminal PDZ tandem from PSD-95 is maintained in the full-length protein.
Domain orientation in the N-Terminal PDZ tandem from PSD-95 is maintained in the full-length protein.
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DOI：
10.1016/j.str.2011.02.017
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发表时间：
2011-06-08
期刊：
影响因子：
5.7
通讯作者：
Bowen, Mark E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McCann, James J.;Zheng, Liqiang;Chiantia, Salvatore;Bowen, Mark E.
串联PDZ结构域已被建议形成结构独立的超模块。然而，晶体学和NMR模型之间的差异强调了它们的可塑性构象。需要对全长支架蛋白进行研究，以检查其天然背景下三级相互作用的影响。使用单分子荧光来表征PSD-95中的N-末端PDZ串联，我们提供了第一个直接证据，即PDZ串联可以在全长支架蛋白中是结构独立的。使用我们的数据收敛在一个单一的结构与配体结合位点的反平行排列的分子精修。在没有相互作用伴侣的情况下，单分子条件捕获处于其未结合基态的PSD-95。PDZ域之间的相互作用不能被检测到，而波动相关光谱表明，其他构象的动态采样。我们的结论是，超弱相互作用稳定的构象提供了一个“低救济”的能源景观，使域的方向被翻转的环境相互作用。
Tandem PDZ domains have been suggested to form structurally-independent supramodules. However, dissimilarity between crystallography and NMR models emphasize their malleable conformation. Studies in full length scaffold proteins are needed to examine the effect of tertiary interactions within their native context. Using single molecule fluorescence to characterize the N-terminal PDZ tandem in PSD-95, we provide the first direct evidence that PDZ tandems can be structurally-independent within a full-length scaffold protein. Molecular refinement using our data converged on a single structure with an antiparallel alignment of the ligand binding sites. Devoid of interaction partners, single molecule conditions captured PSD-95 in its unbound, ground state. Interactions between PDZ domains could not be detected while fluctuation correlation spectroscopy showed that other conformations are dynamically sampled. We conclude that ultra-weak interactions stabilize the conformation providing a “low-relief” energy landscape that allows the domain orientation to be flipped by environmental interactions.
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影响因子：
3
作者：
Brunger, Axel T.;Strop, Pavel;Vrljic, Marija;Chu, Steven;Weninger, Keith R.
通讯作者：
Weninger, Keith R.
DOI：
10.1073/pnas.0500127102
发表时间：
2005-02-15
影响因子：
11.1
作者：
Chattopadhyay, K;Elson, EL;Frieden, C
通讯作者：
Frieden, C
影响因子：
5.7
作者：
Cierpicki, T;Bushweller, JH;Derewenda, ZS
通讯作者：
Derewenda, ZS
影响因子：
16.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.172524899
发表时间：
2002-10-29
影响因子：
11.1
作者：
Chattopadhyay, K;Saffarian, S;Frieden, C
通讯作者：
Frieden, C