Threshold-seq: a tool for determining the threshold in short RNA-seq datasets.
Threshold-seq: a tool for determining the threshold in short RNA-seq datasets.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx073
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发表时间：
2017-07-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Rigoutsos I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Magee R;Loher P;Londin E;Rigoutsos I
我们提出了一种新的方法，用于确定短RNA转录物深度测序数据集的阈值。Seq解决了一个关键问题，即在一个给定的数据集中，需要多少读段才能支持一个短RNA分子，然后才能被认为与“背景”不同。所提出的方案易于实施并纳入现有管道。Seq的源代码作为R软件包可在http://cm.jefferson.edu/threshold-seq/上免费获得，补充数据可在Bioinformatics在线获得。
We present ‘Threshold-seq,’ a new approach for determining thresholds in deep-sequencing datasets of short RNA transcripts. Threshold-seq addresses the critical question of how many reads need to support a short RNA molecule in a given dataset before it can be considered different from ‘background.’ The proposed scheme is easy to implement and incorporate into existing pipelines. Source code of Threshold-seq is freely available as an R package at: http://cm.jefferson.edu/threshold-seq/ Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.1420955112
发表时间：
2015-03-10
影响因子：
11.1
作者：
Londin, Eric;Loher, Phillipe;Rigoutsos, Isidore
通讯作者：
Rigoutsos, Isidore
影响因子：
12.3
作者：
Cloonan N;Wani S;Xu Q;Gu J;Lea K;Heater S;Barbacioru C;Steptoe AL;Martin HC;Nourbakhsh E;Krishnan K;Gardiner B;Wang X;Nones K;Steen JA;Matigian NA;Wood DL;Kassahn KS;Waddell N;Shepherd J;Lee C;Ichikawa J;McKernan K;Bramlett K;Kuersten S;Grimmond SM
通讯作者：
Grimmond SM
影响因子：
4.5
作者：
Garmire, Lana Xia;Subramaniam, Shankar
通讯作者：
Subramaniam, Shankar
影响因子：
9.5
作者：
Tam S;Tsao MS;McPherson JD
通讯作者：
McPherson JD