Multilayer Cluster Heat Map Visualizing Biological Tensor Data
Multilayer Cluster Heat Map Visualizing Biological Tensor Data
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多层簇热图可视化生物张量数据
DOI：
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
S. Miyano
中科院分区：
文献类型：
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作者：
A. Niida;Georg Tremmel;S. Imoto;S. Miyano
生物高通量技术的最新进展正在产生广泛的组学数据。面对海量生物数据的洪流，可视化数据挖掘可以被认为是一种直观而强大的假设生成方法。聚类热图方法已被广泛用于可视化生物数据的矩阵类型。在这项研究中，我们扩展了聚类热图的使用，以揭示隐藏在三阶张量型生物数据中的信息模式。通过将扩展方法（多层簇热图）应用于跨组学和网络张量数据，我们成功地证明了我们方法的概念验证。我们的可视化数据挖掘方法将为增加生物张量数据量提供一个有用的工具。我们的实现和所研究的张量数据可从http://www.hgc.jp/~niiyan/MCHM获得。
Recent advances in biological high-throughput technology are generating a broad range of omics data. Facing a torrent of massive biological data, visual data mining can be considered an intuitive and powerful approach for hypothesis generation. The cluster heat map approach has been popularly used to visualize the matrix types of biological data. In this study, we extended the use of the cluster heat map to reveal informative patterns hidden in third-order tensor-type biological data. By applying the extended method, a multilayer cluster heat map, to trans-omics and network tensor data, we successfully demonstrated the proof-of-concept of our approach. Our new visual data mining method will be a useful tool for increasing the amount of biological tensor data. Our implementation and the tensor data studied are available from http://www.hgc.jp/~niiyan/MCHM.
DOI：
10.1073/pnas.0509033102
发表时间：
2005-12-06
影响因子：
11.1
作者：
Alter, O;Golub, GH
通讯作者：
Golub, GH
影响因子：
50.3
作者：
Noushmehr H;Weisenberger DJ;Diefes K;Phillips HS;Pujara K;Berman BP;Pan F;Pelloski CE;Sulman EP;Bhat KP;Verhaak RG;Hoadley KA;Hayes DN;Perou CM;Schmidt HK;Ding L;Wilson RK;Van Den Berg D;Shen H;Bengtsson H;Neuvial P;Cope LM;Buckley J;Herman JG;Baylin SB;Laird PW;Aldape K;Cancer Genome Atlas Research Network
通讯作者：
Cancer Genome Atlas Research Network
DOI：
10.1073/pnas.95.25.14863
发表时间：
1998-12-08
影响因子：
11.1
作者：
Eisen, MB;Spellman, PT;Botstein, D
通讯作者：
Botstein, D