Fluoride ion encapsulation by Mg2+ ions and phosphates in a fluoride riboswitch.
Fluoride ion encapsulation by Mg2+ ions and phosphates in a fluoride riboswitch.
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DOI：
10.1038/nature11152
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发表时间：
2012-05-13
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Patel, Dinshaw J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ren, Aiming;Rajashankar, Kanagalaghatta R.;Patel, Dinshaw J.
我们对RNA结构、折叠和识别的理解取得了重大进展，这些进展来自对核糖核酸的结构-功能研究，核糖核酸是非编码RNA，其传感结构域结合小配体，其相邻的表达平台包含参与基因调控控制的RNA元件。我们现在报告的Thermotoga petrophila氟化物核糖开关的配体结合的结构，它采用了一个更高层次的RNA结构稳定的假结和远程反向沃森-克里克和Hoogsteen A·U对的形成。结合的氟离子被封装在连接结构内，通过与三个Mg 2+离子直接配位而锚定在适当的位置，这三个Mg 2+离子又与沃茨和五个向内指向的骨架磷酸盐八面体配位。我们在结合状态下的氟化物核糖开关结构定义了RNA如何形成对氟化物有选择性的结合口袋，同时区分较大的卤素离子。霸王嗜石油氟化物核糖开关最有可能通过转录终止机制发挥基因调节功能。
Significant advances in our understanding of RNA architecture, folding and recognition have emerged from structure-function studies on riboswicthes, non-coding RNAs whose sensing domains bind small ligands and whose adjacent expression platforms contain RNA elements involved in the control of gene regulation. We now report on the ligand-bound structure of the Thermotoga petrophila fluoride riboswitch, which adopts a higher-order RNA architecture stabilized by pseudoknot and long-range reversed Watson-Crick and Hoogsteen A•U pair formation. The bound fluoride ion is encapsulated within the junctional architecture, anchored in place through direct coordination to three Mg2+ ions, which in turn are octahedrally coordinated to waters and five inwardly-pointing backbone phosphates. Our structure of the fluoride riboswitch in the bound state defines how RNA can form a binding pocket selective for fluoride, while discriminating against larger halide ions. The T. petrophila fluoride riboswitch most likely functions in gene regulation through a transcription termination mechanism.
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DOI：
10.1073/pnas.1115045109
发表时间：
2012-01-31
影响因子：
11.1
作者：
Anthony, Peter C.;Perez, Christian F.;Block, Steven M.
通讯作者：
Block, Steven M.
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
DOI：
10.1126/science.1215063
发表时间：
2012-01-13
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Baker JL;Sudarsan N;Weinberg Z;Roth A;Stockbridge RB;Breaker RR
通讯作者：
Breaker RR
DOI：
10.1038/nsb0797-553
发表时间：
1997-07-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Cate, JH;Hanna, RL;Doudna, JA
通讯作者：
Doudna, JA
影响因子：
64.8
作者：
Batey, RT;Gilbert, SD;Montange, RK
通讯作者：
Montange, RK