Phylogenomic analysis of Balantidium ctenopharyngodoni (Ciliophora, Litostomatea) based on single-cell transcriptome sequencing.
Phylogenomic analysis of Balantidium ctenopharyngodoni (Ciliophora, Litostomatea) based on single-cell transcriptome sequencing.
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基于单细胞转录组测序的Balantidium ctenopharyngodoni（Ciliophora，Litostomatea）系统发育基因组分析
DOI：
10.1051/parasite/2017043
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Miao W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sun Z;Jiang C;Feng J;Yang W;Li M;Miao W
在本文中，我们提出了转录组数据收集草鱼（Ctenopharyngodon idella）后肠的小袋纤毛虫ctenopharyngodoniChen，1955。我们评估了序列质量，并从头组装了一个初步的转录组，包括43.3兆比特和119，141个转录本。然后，通过去除污染和冗余序列，我们获得了最终的转录组，包括17.7兆比特和35，560个转录本。利用包含53，873个氨基酸残基的132个基因的超矩阵和27种纤毛虫SSU rDNA的系统发育分析，揭示了纤毛虫科6个类群（Colpodea、Oligohyphyrhorea、Litostomatea、Spirotrichea、Heterotrichea和Protocruziida）的进化关系。本文讨论了系统基因组树和系统发育树的拓扑结构。此外，我们的研究结果表明，单细胞测序是一个健全的方法，获得足够的组学数据的基因组分析，这是一个很好的选择，不可培养的纤毛虫。本研究首次获得了毛口小袋纤毛虫的转录组数据，为纤毛虫的基因组学研究及相关的组学分析奠定了基础。
In this paper, we present transcriptome data for Balantidium ctenopharyngodoni Chen, 1955 collected from the hindgut of grass carp (Ctenopharyngodon idella). We evaluated sequence quality and de novo assembled a preliminary transcriptome, including 43.3 megabits and 119,141 transcripts. Then we obtained a final transcriptome, including 17.7 megabits and 35,560 transcripts, by removing contaminative and redundant sequences. Phylogenomic analysis based on a supermatrix with 132 genes comprising 53,873 amino acid residues and phylogenetic analysis based on SSU rDNA of 27 species were carried out herein to reveal the evolutionary relationships among six ciliate groups: Colpodea, Oligohymenophorea, Litostomatea, Spirotrichea, Heterotrichea and Protocruziida. The topologies of both phylogenomic and phylogenetic trees are discussed in this paper. In addition, our results suggest that single-cell sequencing is a sound method of obtaining sufficient omics data for phylogenomic analysis, which is a good choice for uncultivable ciliates. The transcriptome data for Balantidium ctenopharyngodoni are the first omics data within the subclass Trichostomatia, and provide a good basis for ciliate phylogenomic analysis, as well as related omics analysis.
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