Annotation of the Protein Coding Regions of the Equine Genome.
Annotation of the Protein Coding Regions of the Equine Genome.
复制标题
马基因组的蛋白质编码区域的注释。
DOI：
10.1371/journal.pone.0124375
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
MacLeod JN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hestand MS;Kalbfleisch TS;Coleman SJ;Zeng Z;Liu J;Orlando L;MacLeod JN
目前马基因组的基因注释主要来自计算机预测和跨物种比对。基于马EST和mRNA序列，只有少数基因被注释。为了扩大马实验证据中注释的马基因的数量，我们对43种不同组织的mRNA进行了测序。从这些数据中，我们推导出了68，594个转录本的结构。此外，我们在这些转录物中相对于EquCab2鉴定了301，829个具有SNP或小indel的位置。有趣的是，780个变体延伸了转录本的开放阅读框，并且似乎是马参考基因组中的小错误，因为它们也通过参考马的基因组DNA重测序被鉴定为纯合变体。两者合计，我们提供了马的mRNA结构和蛋白质编码的变体，将提高马和跨物种的转录和基因组比较的资源。
Current gene annotation of the horse genome is largely derived from in silico predictions and cross-species alignments. Only a small number of genes are annotated based on equine EST and mRNA sequences. To expand the number of equine genes annotated from equine experimental evidence, we sequenced mRNA from a pool of forty-three different tissues. From these, we derived the structures of 68,594 transcripts. In addition, we identified 301,829 positions with SNPs or small indels within these transcripts relative to EquCab2. Interestingly, 780 variants extend the open reading frame of the transcript and appear to be small errors in the equine reference genome, since they are also identified as homozygous variants by genomic DNA resequencing of the reference horse. Taken together, we provide a resource of equine mRNA structures and protein coding variants that will enhance equine and cross-species transcriptional and genomic comparisons.
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