APOBEC3H structure reveals an unusual mechanism of interaction with duplex RNA.
APOBEC3H structure reveals an unusual mechanism of interaction with duplex RNA.
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DOI：
10.1038/s41467-017-01309-6
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发表时间：
2017-10-18
影响因子：
16.6
通讯作者：
Smith JL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bohn JA;Thummar K;York A;Raymond A;Brown WC;Bieniasz PD;Hatziioannou T;Smith JL
胞苷脱氨酶的APOBEC3家族通过新逆转录的病毒DNA的脱氨作用引起逆转录病毒的致死性超突变。它们结合RNA的能力对于病毒粒子浸润和抗病毒活性是必不可少的，但病毒RNA识别的机制尚不清楚。通过筛选天然存在的、多态的、非人灵长类动物APOBEC3H变体的生物学和结晶特性，我们获得了具有结合RNA的猪尾猕猴APOBEC3H的2.24-kDa晶体结构。在这里，我们报告说，APOBEC3H形成一个二聚体周围的短RNA双链体，尽管绑定的RNA，具有强大的胞苷脱氨酶活性。该结构揭示了一种不寻常的RNA结合模式，其中两个APOBEC3H分子在一个七碱基对双链体的两端与两条RNA链广泛相互作用，但不形成蛋白质-蛋白质接触。CLIP-seq分析显示，APOBEC3H优先结合病毒基因组中预测含有双链体的序列，这是一种可能促进病毒体掺入和催化活性的特性。具有抗病毒活性的APOBEC3家族胞苷脱氨酶是催化新逆转录的病毒DNA脱氨的蛋白质。在这里，作者展示了具有结合RNA的全长猪尾猕猴APOBEC3H的晶体结构，这揭示了APOBEC3H二聚体如何结合在短RNA双链体周围。
The APOBEC3 family of cytidine deaminases cause lethal hypermutation of retroviruses via deamination of newly reverse-transcribed viral DNA. Their ability to bind RNA is essential for virion infiltration and antiviral activity, yet the mechanisms of viral RNA recognition are unknown. By screening naturally occurring, polymorphic, non-human primate APOBEC3H variants for biological and crystallization properties, we obtained a 2.24-Å crystal structure of pig-tailed macaque APOBEC3H with bound RNA. Here, we report that APOBEC3H forms a dimer around a short RNA duplex and, despite the bound RNA, has potent cytidine deaminase activity. The structure reveals an unusual RNA-binding mode in which two APOBEC3H molecules at opposite ends of a seven-base-pair duplex interact extensively with both RNA strands, but form no protein–protein contacts. CLIP-seq analysis revealed that APOBEC3H preferentially binds to sequences in the viral genome predicted to contain duplexes, a property that may facilitate both virion incorporation and catalytic activity. The APOBEC3 family cytidine deaminases with antiviral activity are proteins that catalyze the deamination of newly reverse-transcribed viral DNA. Here the authors present the crystal structure of full-length pig-tailed macaque APOBEC3H with bound RNA, which reveals how the APOBEC3H dimer binds around a short RNA duplex.
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DOI：
10.1107/s0907444911007232
发表时间：
2011-04
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Krissinel E
通讯作者：
Krissinel E
影响因子：
5.6
作者：
Desimmie, Belete A.;Delviks-Frankenberrry, Krista A.;Burdick, Ryan C.;Qi, DongFei;Izumi, Taisuke;Pathak, Vinay K.
通讯作者：
Pathak, Vinay K.
影响因子：
1.6
作者：
DelProposto, James;Majmudar, Chinmay Y.;Brown, William Clay
通讯作者：
Brown, William Clay
DOI：
10.1107/s0907444910026582
发表时间：
2010-11-01
影响因子：
2.2
作者：
Afonine, Pavel V.;Mustyakimov, Marat;Adams, Paul D.
通讯作者：
Adams, Paul D.
影响因子：
5.4
作者：
ENGELMAN, A;CRAIGIE, R
通讯作者：
CRAIGIE, R